碇唯作为人类补完计划与E计划的主要实施者之一，暗中计划反叛Seele，她看清了Seele，也看清了碇源堂，她赞成Seele和UN的表面目的——防止第三次冲击，但绝不赞成人类补完计划。碇唯的真正目的是一方面创造EVA消灭所有使徒避免使徒与亚当接触引发第三次冲击；另一方面，借机控制人类补完计划的关键素材初号机，从而在关键时候能够保护真嗣（或者说全人类），让人类能够“永生”，延续人类自己的文明，按照人类目前自己的意志在宇宙中生存下去。碇唯为人类能做出最后的选择创造了机会。
在eva剧场版《真心为你》的最后当所有人的AT力场消失后，人与人之间将不存在隔阂，真嗣经过反复的认真思考后，他终于明白，所有人类融为一体，人与人心灵间不存在隔阂虽然很美好但也是很虚幻的一种伪幸福，这是逃避现实懦弱的表现，原来的现实世界虽然痛苦但是更真实。
于是真嗣终止补完计划选择重新创造世界，这也是eva想传达的真谛想摆脱个体的孤独就要“不能逃避，敢于面对现实”
