南极地区发生巨大爆炸，导致人类损失半数人口，海平面上升，地轴偏转，大部分地区的季节发生很大变化（如日本变为全年皆夏），这是一场20世纪末发生的浩劫。
第二次冲击结束后 ，亚当失去了光之巨人的体型，其肉体被SEELE回收并还原成了手掌大小的卵而且还被封在了树脂中，最终移植到了碇源堂的手掌。灵魂被SEELE找到并被放到人造人的体内，即渚薰（第十七使徒，自由天使诞生）。
使徒只要和亚当接触就会引发第三次冲击，想要和亚当融合是使徒的一种本能，它们能感应到亚当的存在，所以才会不断进攻第三东京市。当第十七使徒自由天使渚薰潜入最终教条区，才发现使徒上当了，NERV本部最深处的白色巨人不是使徒的父亲亚当，而是与亚当同等的生命存在——第二使徒莉莉丝。
8.NERV和SEELE
NERV是国际联合最高干部会所属——人类补完委员会直属特务机关。这个机关拥有超越国家的权力，其成立目的之本质是人工进化研究所及其周边设施守备兼任。主要任务是为了预防第三次冲击，开发、研究EVA、以及对使徒的调查、研究和歼灭，但其真实质目的是按SEELE的指示执行“人类补完计划”。在碇司令和冬月主持之下，NERV与SEELE貌合神离，双方各怀鬼胎，最终在结局演变为武力冲突。
SEELE是幕后操纵NERV和人类补完计划委员会的迷之巨大组织，早在“第二次冲击”之前就已存在，触手遍及世界各地，甚至可以干涉联合国事务。 Seele的成员一般并不直接露面， 都是以声音的形式出现的，碇源堂是第13个加入Seele的人，这个数字也注定了他必然是那个扮演“犹大”的人。
9.亚当计划和E计划
亚当计划：复原原始形态的亚当。
E计划：为了消灭使徒并进行仪式，按照计划需要至少12台EVA。零号机、二号机以及以后的EVA，都是复制亚当制造。只有初号机例外，初号机的原型使用的是莉莉丝。
