南唐
其九为南宋（1127年—1279年）。
1127年，北宋灭亡，赵构在南京应天府（今河南商丘）正式即位，重建宋朝。
其后金军南下，赵构匆匆撤离商丘，逃往扬州，不久又渡江南逃。抵抗派李纲等人力主以金陵为都，赵构被迫于1129五月八日决心宣布：在南京（当时称“江宁府”）定都，并把“江宁府改为建康府”。1129年7月28日，赵构唯一的儿子宋简宗赵旉病死，葬于建康。
赵构御笔道：“建康（南京）之地，古称名都。既前代创业之方，又仁祖兴王之国。朕本繇代邸光膺宝图，载惟藩潜之名，实符建启之义。盖天人之允属，况形胜之具存，兴邦正议于宏规，继夏不失于旧物，其令父老再睹汉官之仪，亦冀士夫无作楚囚之泣。江宁府可改为建康府，其节镇旧号如故。”
1137年，宋高宗再次来到建康，进驻建康府行宫，并诏筑太庙。不过，赵构还是嫌南京紧靠长江，距离金兵太近，终于在1138以临安为行在（今杭州），以金陵为南宋的留都。
自此，结束了南京作为南宋初年名义上的首都的地位，从1129年到1138年，前后历时十年。
南宋
其十为明朝（1368—1644年）。
1368年，朱元璋在应天（南京）称帝，国号大明。同年攻克大都推翻元朝。1421年，朱棣迁都北京，改金陵应天府为南京，改北平顺天府为京师，但在南京仍设六部等中央机构，称南京某部，以南京为留都。自此，结束了南京为京师的53年的历史。
其十一为南明（1644年-1662年）。
南明是明朝京师北京失陷后，由明朝宗室在南方相继建立政权的合称，历时19年。
明朝实行两京制度，在崇祯皇帝自缢、北京城易主之后，南京成为有实际内涵的另一个政治中心。
1644年五月，明大臣拥明神宗之孙福王朱由崧即位于南京，年号弘光，史称南明。1645年，清军攻入南京，朱由崧逃亡芜湖，押往北京处死，时年四十岁。朱由崧死后，唐王朱聿键在郑芝龙等人的拥立下，在福州称帝，改元隆武。1646年，清军入福建，隆武帝在汀州被掳，绝食而亡，享年44岁。朱聿键死后，桂王朱由榔在肇庆称帝，改元永历。1662年，永历帝在昆明被吴三桂以弓弦绞*，南明政权最终灭亡。历三帝，时19年。
此次，南京为南明实际首都仅为1年，可谓昙花一现。
南明
其十二为太平天国（1851年—1864年）。
1853年3月，洪秀全率太平军攻下江宁（今南京），定都于此，改称天京。
太平天国武装力量先后发展到广西、湖南、湖北、江西、安徽、江苏、河南、山西、直隶、山东、福建、浙江、贵州、四川、云南、陕西、甘肃、广东诸省，攻克过600余座城市。鼎盛时期，其实际控制辖区包括安徽、江西、湖北、江苏、湖南、浙江的部分地区，总面积约150万平方公里。
1864年8月，太平天国首都天京被湘军攻陷，洪秀全之子、幼天王洪天贵福被俘。太平天国覆灭，历两天王，时14年。
其十三为中华民国（1912年——1949年）。
1911年辛亥革命爆发后，革命党以南京为临时首都，建立临时政府，各省代表推举孙中山为临时大总统，1912年元月中华民国正式建立。1912年2月13日孙中山被迫向临时参议院提出辞职， 临时参议院选袁世凯任临时大总统，首都迁至北京。1927年4月18日，蒋介石在南京建立国民政府，定南京为首都。1949年4月21日，解放军百万雄师强渡长江， 23日解放南京，南京迎来新生。
故此，南京实为13朝古都，在南京建都的13个朝代分别是东吴、东晋、宋、齐、梁、陈、杨吴、南唐、南宋、明、南明、太平天国、中华民国。
太平天国货币
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