为害番木瓜最严重的是番木瓜环斑花叶病，还有炭疽病、根腐病、疮痂病和白灰病等。常见的虫害有番木瓜圆蚧、红蜘蛛和蚜虫等。
（1）症状。番木瓜环斑花叶病是一种传染性强、毁灭性的病毒病。在番木瓜原产地南美洲的委内瑞拉及种植番木瓜较多的夏威夷、古巴等地早已流行，1959年在广 州地区发现，1962年普遍发现。该病害传播快，危害大，感染后的植株在冬季落叶，次年结果量大减或不结果，果实品质低，没有经济价值，病株1 ~ 4年内死亡。植株发病初期，顶部叶片、嫩茎、叶柄产生水渍状斑点，叶片随后呈现黄绿相间或深绿浅绿相间的花叶病状，病果表面有大小不等的圆形、椭圆形、不定形的连续或不连续的水渍状轮纹。后期叶缘干枯，病株老叶脱落，只剩顶部黄色幼叶，幼叶变脆、畸形、皱缩，叶肉退化，只剩叶脉，成线状，如鸡爪。
（2）发病规律。该病由桃蚜、棉蚜、豆蚜、夹竹桃蚜、玉米蚜等传染，蚜虫自吸毒液至完成传毒的时间通常只有2~5分钟，传病力达100%；还可经由汁液摩擦、人手或机械传播。种子不传播。西瓜、香瓜、南瓜等瓜类为其中间寄主。病毒潜伏期7~ 28天。在广州地区，每年有两个发病高峰期：4~5月及10月至11月上旬，月平均温度为20 ~ 25℃时植株发病最多，症状最明显；7~8月，平均温度为27~28℃，病株回绿，症状消失或减缓。高温对该病毒有抑制作用。
（3）防治。目前还没有完全根治该病的方法，可采取综合性防治措施。
①严格保护新区，隔离栽种。新发展番木瓜的地区要严格建立检疫制度，培育和种植无病苗。新果园与旧果园要隔离120米，并清除附近病株，消灭病源。②选种耐病品种如穗中红等。③改变种植时间，提倡春植，当年收果，当年砍伐，这是目前普遍采用的有效措施。④加强栽培管理，培养壮旺树体，增强抗病、耐病能力。⑤清除病株，消灭传染源。在果园发现病株时，立即挖除并用石灰消毒。⑥喷药防治蚜虫。果园间种玉米，诱引蚜虫喷*。⑦采用网室大棚育苗和种植，防蚜虫为害。
