这句话，出自明末清初的《毗尼日用录》中一句饮水偈咒，原话是：佛观一钵水，八万四千虫，若不诵此咒，如食众生肉。佛门把这句话作为净水咒，在喝水时要念三遍，才能够超度喝下去的生灵，这就是菩萨心肠。
钵和碗差不多，是和尚们常用的化缘盛饭的容器，只是制作材料有些区别，一般是钵为陶碗为瓷。“毗尼日用”的意思就是日常应该遵守的戒律，这个《毗尼日用录》就是把平常寺庙信徒们所要遵守的一些偈、咒编撰在一起。
净水咒解读出来，就是喝的水里也有许多生灵，如果不念咒语超度它们，就是*生，就是吃众生的肉。因此，一些寺庙把喝水念咒当成重要戒律，甚至有的寺庙规定喝一杯水，须先用一块布过滤后才能喝。
这句话与科学有多大关联？佛教信徒们一直相信，佛法无边，佛能够看到一切。因为佛有五眼，即肉眼、天眼、慧眼、法眼、佛眼。因此，佛既能够看到普通人肉眼看到的一切，也能看到普通人肉眼看不到的一切，所谓八万四千虫就是通过天眼或法眼看到的。
这是一种文化和信仰，就像易经和阴阳五行等古文化一样，是站在不同角度，对世界的一种看法，这些看法里面不乏有辩证法在里面，充其量有一定的哲学意义。但如果一定要把这些文化现象与自然科学来PK，就脱离了宗教信仰和文化的范畴了。
在对待“佛观一碗水，八万四千虫”的偈咒时，就有不少人鱼目混珠，宣称佛早就知道水里面有微生物，科学是后来才发现的，因此正应验了“当科学爬到山顶时，发现佛早就等候在那里了”这句话，从而“科学的尽头是神学”才是一个真理。
佛教本来只是一种信仰，并向民众传达出某种理念，但有些人硬是要拿诸如此类不荤不素牵强附会的一些东西，企图达到反智反科学的目的，就有些令人悲哀和不齿了。
那么，佛真的早就发现了水中的微生物了吗？佛教的老祖宗是释迦牟尼，他存在于公元前6世纪，迄今没有哪部经书里说他说过一钵水中有八万四千虫的话。《毗尼日用录》是明末清初一位叫“性只”的编撰而成，这个“性只”是什么人，很难找到资料，甚至作者也各有说法，有的版本又说是明星祇著，我们就补考证了。
