但实际上，他们的“八万四千虫”与真实世界差远了。在真正的科学研究中，一滴水里都有亿万个微生物。一滴水只是1/25毫升，一碗水或一钵水至少有几百毫升，里面有多少虫子？
显微镜的出现，人们才开始看到微观世界人类真正深入了解微观世界，是到了17世纪末，是随着显微镜的出现开始的。发明显微镜的人叫安东尼·列文虎克，他是荷兰人，生卒时间为1632~1723年。他本来只是一个小镇上的小商人，业余爱好磨制镜片，但这个业余爱好让他名留青史。
他一生磨制了很多透镜，他把一些透镜组合起来，这就是最初的显微镜。他用这个显微镜观察雨水、井水、河水等，发现其中有许多微小生物在活动，看见了人们过去从没有看到的微观世界。
列文虎克的发现惊动了世人，传到了欧洲最负盛名的科学机构~英国皇家学会，于是他被邀请成为了英国皇家学会的会员，也就是相当于现代的院士。在以后几十年，他不断将自己的发现报告给学会。
他制作的显微镜，最高倍数达到了270倍。
有一次，他异想天开地从牙缝中挑出一点牙垢，混入一滴雨水，在自制的显微镜下，他看到了一个眼花缭乱的微生物世界。他在给英国皇家学会的信中写道：
“……我非常惊奇地看到了在水中有许多极小的活的微生物，十分漂亮而又会动，有的如矛枪穿水直射，有的像陀螺团团打转，还有的灵巧地徘徊前进，成群结队，你简直可以把它们想象成一大群蚊纳或苍蝇。”
又有一次，他在刚刚大口大口喝过热烫的咖啡以后，又挑出牙垢来观察时，却发现在显微镜下看到的只是一片一动不动的微生物的尸体，于是他机敏地作出了判断：热烫的咖啡把那些小生物*死了。
还有一次，他诙谐地报告说：“我家里的几位女眷想要看醋里的线虫，可是看了以后，发誓说再也不用醋了。要是有人告诉她们在口腔里、牙垢里生活着的动物比全国人口都多，她们将会怎样反应呢？”
1695年，他将自己20年来辛勤观察的结果写成一本书出版，书名是《列文虎克发现的自然界的秘密》。这是人类关于微生物的最早的专门著作。
其实，在列文虎克之前，荷兰眼镜商人亚斯·詹森于1590年左右就做出了第一台显微镜，只是比较简单，也没有用于实用和推广开来。而实验科学的开创人伽利略，则在1610年前后,用自制复式显微镜研究昆虫，观察到了昆虫的复眼，被认为是将显微镜最早用于观察微观世界的人。
这才是科学。科学是建立在观测发现和定性定量分析基础上，得到的严谨结论，不是凭想象牵强附会的臆测。
水中的微生物到底有多少？显微镜的发明，让人类对世界的认识大大前进了一步，人们用显微镜发现了平时看不见的微生物，了解了人类自身的肌肉构造和血管血流等等。随着显微镜倍数的提升，人们发现的细微结构越来越多，细胞、细菌乃至病毒都被发现，现代的电子显微镜和扫描隧道显微镜还能够看到原子构造。
虽然如此，人们完全无法确定水中到底有多少微生物。因为各种水体不同，微生物种类和数量就不一样。比如有井水、河水、海水、泉水、清洁水、污染水等等，即便同样的某种水，在不同地域环境，里面的微生物种类和含量也是不一样的。
一般来说，水中的微生物种类涵盖细菌、真菌、噬菌体、病毒、原生动物、藻类等。如草履虫就是一种原生单细胞动物，约有300微米长，也就是0.3毫米，这在水中算很大的微生物了，肉眼好的也能够看见。
