上文中已经说到，航海家的轴距是2850mm，得益于更为宽大的车身，航海家的前后排乘坐空间比较宽裕，身高178cm的乘客在后排能获得2拳的腿部空间以及3指的头部空间。而且第二排座椅靠背角度还可以进行18°调节，乘客可以找到这更加贴合乘坐习惯的角度，长途乘坐的时候更加舒适。还有一点，航海家的第二排地台比较平整，乘客可以更轻松地放置双脚。行李箱拥有739L的超大容积，还有一键放倒座椅设计，二排一键放倒后后排空间为1473L。支持感应式电动开启，还可按照使用习惯设置开启高度，即使是体型娇小的乘客也可轻松操作。
近两年，由于疫情的影响，车内空气健康越来越受到用户的关注。在车内空气方面，航海家通过Auto Air Refresh座舱“新风管家”的智能系统，时刻保持座舱空气洁净清新。“新风管家”采用四重过滤结构的高效活性炭过滤系统，能有效过滤94%的PM0.3颗粒物，并能吸附包括正丁烷、甲苯和氮氧化物在内的有害物质，防止进入车内产生异味。OAQS舱外空气质量监测系统可实时监测空气质量，智能切换车辆内外循环。同时Auto Air Refresh座舱“新风管家”还配备座舱新风、解锁新风和驻车新风功能，在驾驶员上车时就已更换为新鲜空气。
美系品牌的隔音效果好，车内比较静谧是一直以来的优点。新款林肯航海家标配ANC主动降噪系统，可以实时监测并发出反向声波抵消座舱内噪音。前风挡与前、后排车窗，标配了五层结构的声学降噪玻璃。并且航海家还使用发动机舱双重隔音防火墙、三层动态密封条车门，35个声学包，全方位地营造静谧的车内环境，让林肯航海家的 NVH静谧性达到了极致。
与新一代林肯航海家静谧空间为伴的是一套拥有13扬声器的锐威音响系统，这是哈曼旗下的高级音响品牌，锐威音响的特点是低音表现比较出色。采用Quantumlogic Surround®环绕立体声技术，将美妙音乐与车舱内的自然声场完美相融，带给用户全车优秀的立体环绕音效。
