逼出来的都督
1911年10月10日（47岁），武昌起义爆发。黎元洪被革命党人强迫推举为湖北军政府都督。除湖北提督张彪率部驻扎汉阳外，清军派出冯国璋率领的陆军、萨镇冰率领的海军抵达汉口作战。
10月28日，同盟会*黄兴、宋教仁等人抵达武汉支援。黄兴为众望所归、被黎元洪委任为湖北革命军战时总司令。但汉口、汉阳相继失陷，不得不退守武昌。袁世凯先后三次向黎元洪致函提出南北议和。12月9日，南北双方签订正式停战协定。
镇压暴动的黎屠夫
1912年（48岁），南京中华民国临时政府成立，黎被选为临时副总统。然而，以黎元洪为首的武汉方面和以孙中山为首的南京方面在财政筹款、国旗式样选取、定都等问题的决策上产生了较大的意见分歧。
与此同时，湖北革命党人内部也开始出现明显的分化，引发推倒黎元洪的运动。1912年2月，镇压了反对他的武昌群英会暴动。“黎屠夫”之名因此不胫而走。黎元洪控制住了湖北军政大权。
袁世凯的儿女亲家
黎元洪倒向袁世凯。1912年8月16日，与他合谋，诱*了湖北军政府军务部副部长张振武（辛亥三武之一）和方维。1913年10月，袁世凯就任中华民国正式大总统，黎元洪当选为副总统，离开武昌，入京履职，居住在有“小蓬莱”之称的的中南海瀛台。
1914年（50岁），8岁的二女儿黎绍芳与袁世凯九子袁克玖订婚，20年后两人成婚。1914年5月，袁世凯公布《中华民国新约法》代替《临时约法》，成立参政院，黎元洪出任院长。1915年12月12日，袁世凯正式称帝，称帝后的第一道命令就是册封黎元洪为“武义亲王”。黎元洪委婉拒绝。
中华民国的大总统
1916年6月（52岁），袁世凯取消帝制后去世，黎元洪就职中华民国大总统。任命段祺瑞为国务总理，组织责任内阁。在对德参战等问题上，双方矛盾急剧升级，引发了激烈的府院之争，结果是黎元洪下令免去段祺瑞的职务。于是，拥段的11省督军在各地宣布独立。
1917年7月1日，张勋率五千辫子军入京调解，趁机拥戴清废帝溥仪即位，黎元洪逃到日本公使馆进行躲避。段祺瑞以讨逆军总司令名义誓师讨伐，赶走了张勋，冯国璋任代大总统。8月28日，黎元洪到天津，长达五年间，热心发展实业。
