慈圣皇太后画像
牢狱之灾1595年，皇帝对皇太后为佛事耗费巨资的事情非常不满，当时正好太后派了个使者去崂山送经书，所以皇帝就直接怪罪到了憨山大师的头上，被捕入狱几个月后，把他发配到了广东雷州。
他于十月带着侍者福善和尚南行，到达韶关之后，去曹溪南华寺参拜了六祖的肉身。第二年三月到达雷州。当时雷州正在闹旱灾，路边有许多被饿死的百姓，憨山大师一路念经为他们超度，并发动当地群众一起将他们掩埋了，还建了一个济度道场。
八月的时候，镇府让他去广州，当地官民仰慕他的学德，经常有人去访问他。他经常穿着罪犯的服装登座为众说法，听者众多，开创了岭南的佛教风气。
修建寺庙曹溪是禅宗南宗的别号。以前六祖慧能大师在曹溪宝林寺讲过佛法，由此而得名。宝林寺是在南北朝梁武帝天监三年（公元504年）的时候建立的，后来经过南北朝和隋唐之间的军事战乱，到了唐初，这里基本上都已经荒废掉了，六祖慧能剃度后再次回到韶州曹溪，然后对宝林寺进行大规模扩建，使得其香火鼎盛。
六祖慧能大师
到了明朝末年，这座唐朝著名的禅宗道场，已经破落不堪。憨山大师来到这里看到曹溪祖庭的败落，心痛不已，这里的僧人不守僧规，不读经书，整日慵懒，寻欢作乐。他到寺后，开辟祖庭，选僧受戒，设立僧学，订立清规，于是决定进行整治，历经一年，使大鉴之道，有勃然中兴之势，憨山大师也被尊为曹溪中兴祖师。
寺庙修建完成后，憨山大师就开始了他的游历讲学，足迹遍布各大名山名寺，受听者多达数万人。
宝林寺
圆寂1622年，憨山大师应韶阳太守张公之请，再度回到曹溪为众人说戒讲经。
1622年3月10日，憨山大师突然向大众宣布道：“老僧世缘将尽矣！”众人听了急忙下拜，心中难过不已。有僧人请他留下训诫，憨山大师谦卑地说道：“金口所演，尚成故纸，我又何为？”
说完以后又染上一柱佛香，在阵阵经声中坐逝，至此，憨山大师世寿七十八，僧腊五十九，后人为他立塔于南华寺天子岗。崇祯十三年（1640），弟子们将遗骸漆布升座，安放塔院，即今曹溪南华寺内供奉的憨山肉身像。
