南瓜子中含有人体所需要的丰富的营养物质，其主要营养成分如下：
脂肪酸
南瓜子含有十几种脂肪酸：油酸，亚油酸，棕榈酸，棕榈油酸，硬脂酸，亚麻酸，肉豆蔻酸，花生酸，辛烯酸。其中主要脂肪酸为亚油酸，油酸，棕榈酸。南瓜子中的脂肪和脂肪酸组成有以下特点：①粗脂肪含量较高，达到40.4％～41.0％，高于大豆(20％)，略低于葵花(51.5％)。②脂肪酸组成中不饱和脂肪酸含量为76.9％～91.5％，平均比大豆油(84.3％)、葵花籽油(89.4％)略低。③不饱和脂肪酸组成主要是亚油酸、油酸、棕榈油酸，其中亚油酸含量达到43.0％-64.0％，与大豆油、葵花籽油接近。有关研究认为亚油酸是人体的必需脂肪酸，在人体内参与磷脂的合成，并以磷脂的形式出现在线粒体和细胞膜中，对它们的结构起重要作用。
氨基酸
南瓜子含有异亮氨酸，亮氨酸，赖氨酸，色氨酸，精氨酸，组氨酸，谷氨酸，丙氨酸，甘氨酸，苯丙氨酸，酪氨酸，苏氨酸，缬氨酸，脯氨酸，丝氨酸等十六种氨基酸。此外，南瓜子还含有特殊的南瓜子氨酸。
类脂
据报道南瓜子含有植物甾醇，甾醇酯，磷脂酰胆碱，磷脂酰乙醇胺，磷脂酰丝氪酸，脑苷脂，类胡萝卜素等。此外，南瓜种子中有一些如同抗氧化剂的类胡萝卜素。因此一些南瓜种子的合适提取物表现显著的抗氧化活性。特别是南瓜子的甲醇提取物同商业上允许的合成抗氧化剂(主要由多酚类组成)比较表现出强的抗氧化活性。
维生素
南瓜子含有维生素B，维生素B2，维生素C，维生素E，维生素P，泛酸等。南瓜子大约含有50％的脂肪油，并且含有丰富的维生素E特别是具有高抗氧化活性的生育酚。维生素E极易氧化而保护其他物质不被氧化，是动物和人中最有效的抗氧化剂，可以保护生膜的结构和功能。维生素B1和糖代谢关系密切。
