除此之外，随着科技的进步，目前还诞生了一种粉碎式的火车马桶，里面使用了含有消毒剂和除臭剂的清洗水，当粪便进入后，就被内置的搅拌机搅拌粉碎，只将一些消臭之后的水分排进储便器。这样一来，储便器的容量可以做得更小。但这样的马桶有个问题就是，一旦马桶内混入了粪便以外的异物，难以搅拌粉碎，搅拌机就会发生故障，同时消毒液的刺激气味也会给如厕者带来一定的困扰。
对于长途列车中的厕所而言，水的大量使用仍然是个首要需要解决的问题。如何在有限的空间内做到水资源的最大利用呢？其中首选的做法就是“循环利用”。所谓水资源的循环利用，是预先在清洗厕所的水中混入除臭剂和消毒液，当用户上完厕所后，内置的过滤器会将清洗水和污物进行分离，分别流入污物罐和清洗水箱两个通路内，这样得到清洗水箱里的清洗水就可以进行二次利用。如此循环可以节省大量的用水，但其缺点是结构有些复杂，且还需要专门的地面设备来提取污物。
2008年，随着生物科技的发展和进步，人们首次尝试将生物厕所引入火车车厢。生物厕所的原理是将专门的细菌混入进分解槽内，在其中与排泄的污物进行搅拌之后进行分解处理，可以把排泄物充分分解成二氧化碳和水。其实这项研究之前就展开过研究，最大的缺点就是细菌在低温环境下很难存活，因此一到冬天，排泄物的处理效果就要大打折扣。
而最新的研究，采用了低温强酸性菌，使得低温作业也成为了可能。以前从罐中提取污物并进行处理都需要很高的费用，而采用生物厕所，通过细菌的分解处理、搅拌，人们只需要支付细菌培养、搅拌和加热器的费用即可，大大降低了成本。2009年，生物厕所也正式投入试运营阶段，并正在全球范围内慢慢地进行着大力的推广。
除了排泄物之外，生活垃圾处理也是火车上经常遇到的问题。回想每次春运期间，一车厢的狼藉，随手乱丢的食品袋堆积如山，令人暗暗摇头。不仅是国内，在邻国日本，也同样受到了火车垃圾的困扰，据统计，仅2020年一年，日本全国的车站和列车上排放的垃圾就有0.8万吨。
如何解决这些垃圾，除了加强教育之外，日本人想出的办法是设置分类垃圾回收箱，像空瓶子，塑料瓶这样的资源垃圾都要求乘客放入可回收垃圾中。他们不仅在车站内设置了垃圾分类回收，就是在列车上也装有了一样的设施。方便乘客随时随地处理垃圾，这一措施使得列车垃圾回收率由2013年的97.9%提高到了现在的99.5%。我国高铁上虽然没有出现脏乱现象，但是在垃圾分类和回收上仍然有进步的空间。
