原因是1987年沿江各省开展了“鲥鱼保护计划”，江西赣江的产卵场、鄱阳湖的索饵场全面禁捕，保护了亲鱼的繁殖和幼鱼的肥育过程。下游的安徽、江苏、上海等省市也联合行动，在长江下游保驾护航，保护幼龄鲥鱼顺利出江入海。
禁捕后，国内的专家学者一直在密切关注鲥鱼的资源恢复状况。从1987~1996年，鲥鱼保护计划已实施十年，为掌握资源动态，中科院的邱顺林等学者申请野外调查，在产卵场试捕亲鱼，在鄱阳湖湖口试捕幼鱼，以此追踪鲥鱼的种群变化。
但结果出乎专家的预期：产卵场内累计捕捞414.5小时，出动93船次，最终一条鲥鱼都未捕到。同样的结果也发生在湖口水域，调查员连续监测了16天，采捕渔获1570.5kg，但其中只发现了短颌鲚、蛇鮈等鱼种，期待已久的鲥鱼幼鱼并未出现。
或许是对鲥鱼的幸存还抱有希望，寻找鲥鱼的调查又多次在长江下游开展，但越是调查，结果就越令人心灰意冷。
通过对当地渔民走访问卷，鲥鱼消失的时间线逐渐浮出水面：从1994年以来，安徽江段就再未出现过捕到鲥鱼的消息，而在整个长江中下游，最后一条鲥鱼被发现于1998年，是由江苏段的渔民误捕所得，重约1.5kg。从此，长江鲥鱼销声匿迹，彻底落幕。
很多人都抱有疑虑，既然我国采取了为期十年的禁捕，为何野生鲥鱼的数量非但没有上升，反而越来越少，最终野外绝迹了呢？事实上，商业捕捞只是影响鲥鱼种群的一个因素，水环境的污染、水利工程的修建也不容忽视。
据不完全统计，上世纪70~80年代，江苏、安徽、上海每天排放入江的废水达800万吨，重大污染源153个，长江水质污染日趋严重。大量有害物质进入洄游通道，导致幼鱼的存活率降低，会加剧种群的衰退。
这种观点有一定的科学依据。在1987年，科研工作者曾对江苏镇江、江西峡江的10尾鲥鱼进行过残毒测定，结果显示：鲥鱼肌肉中的铅含量达到了1.7mg/kg，内脏中镉含量为0.41mg/kg，铜含量为2.72mg/kg，都超出了食品卫生标准。这也说明，鲥鱼存在有毒物质的富集现象，这无疑和水质、食物链的污染有关。
