直接原因则和洄游、繁殖有关。鲥鱼的自然繁殖非常特殊，洄游途中要求江河有明显的涨水过程，亲鱼方能顺利产卵。而在每年初夏，江西赣江进入汛期，自然洪峰频繁出现，为鲥鱼的产卵活动提供了有利条件。科学观测还发现，鲥鱼产卵规模的大小和赣江6~7月份的涨水频率、洪峰强度密切相关。
然而，赣江中上游建成的万安水电站打破了水文节律，江水被截流，阻断了鲥鱼的产卵通道，自然繁殖深受影响。根据调度安排，万安水库在4~6月份主要满足发电、航运、灌溉等需求，7月1日开始蓄水，汛期削峰流量达2000~3000m³/s，鲥鱼因此陷入“只洄游而不产卵”的恶性循环。
有人可能会问了：既然自然繁殖受到阻碍，那为何不进行人工繁殖呢？说来令人惋惜，国内并非没有尝试人工繁殖，但由于种种原因，进度上还是晚了一步。
早在1982年，江西省的科研团队就孵化出了30000多条鲥鱼的幼鱼；同一时期，江苏也开展技术攻关，在池塘中驯养野生鲥鱼，取得了一定成效。但所有的试验都有限制条件：依赖于江河中的野生鲥鱼，一年的繁殖机会只有一次，可供试验的次数很少。
在人工繁殖方面，如何保护鲥鱼众说纷纭，主要的思路有两个。一是依靠野生鲥鱼，将其转移到人工环境下繁殖，但缺点是野生数量迅速减少，捕到雌鱼的概率渺茫。据文献记载，1986年峡江段鲥鱼的产量只有248kg，相当于250条亲鱼，其中雌鱼的比例还不到10%。每取用一条，就意味着自然繁殖的亲鱼少了一条。
另一个思路则是不依赖野生资源，而是全程人工培养幼鱼，但缺点也很明显，就是死亡率高，培养周期长。鲥鱼属于中型鱼类，雄鱼在3龄初次性成熟，雌鱼则为4龄，雌雄正常的性别比为1:1。然而，我国驯化时间最长的鲥鱼也只长到3 龄，可见风险之高。再者，人工繁育还面临着近亲繁殖、性状退化的窘境，即便培育成功，幼鱼的体质也比不上野生鱼，放流到长江后难免九死一生。
由于种种原因，长江鲥鱼还是退出了历史舞台。但匿迹销声24年，国内依然能听到鲥鱼的消息，真假鲥鱼的迷局让人难解难分。其实，市售的鲥鱼均不是长江鲥鱼，而是国外同属或同科的近缘物种。比如：名为“美国鲥鱼”的美洲西鲱（Alosa sapidissima），孟加拉国的云鲥（Tenualosa ilisha）等等。
