内置式过滤由潜水泵与过滤槽直接连接在一起，沉在水中，在过滤槽内有一块卷筒状的过滤棉缠绕在一个漏网的圆柱上，在圆柱的内部有许多生物球，便于硝化菌的附着。内置式过滤器的最大优点是声音轻，水流方向可以根据需要进行调节，适应以水草为主的水族箱用。内置式过滤器的出水口有下个连接二氧化碳的入气口，二氧化碳可以经过此口进入水中，二氧化碳经过水流的冲击，可以很均匀地分散到水族箱的每个角落，被水草吸收。但是，机械过滤杂质的效果不如上部过滤器，因为，过滤后的污物，附着在过滤棉上浸在水中，容易造成二次污染，最好配上硝化菌一起使用。内置式过滤器清洗也很方便，只要将内部的过滤棉取出清洗即可，由于内置式过滤器的表面与水的接触面比较大，它的单位面积的吸水功率小，最适宜饲养小型鱼类和鱼类繁殖期间使用。
优点：使用简便容易安装、水流方向可以根据需要随意调节、适用于以水草为主的小型水族箱
缺点：占用一定的缸内空间、由于安置在水中难以做到干湿分离，导致过滤到的污物长期滞留在水中，对水体造成二次污染、清洗时需要从水中取出会造成大量的污物重新回落到缸内、过滤效果有限很难独立完成过滤工作。
八、生化棉过滤/气举动式生化过滤器
生化棉过滤/气举动式生化过滤器属于内置式过滤(沉水式过滤器)，关于沉水式过滤器可以参见上面。
生化棉过滤/气举动式生化过滤器是过滤器中最简单的过滤器，它是通过增氧泵吹气到下个生化棉中来造成水流由生化棉的外部向生化棉的内部流动，同时通过气泵的不断吹气，为硝化细菌提供大量的氧分，在流动中将脏物留在生化棉上，再由水中或生化棉上的硝化菌来分解，形成一个生物过滤的环境。生化棉主要用于饲养超小型的鱼类，如红绿灯、金丝等，因为，超小型鱼类的体型一般较轻，容易被过滤器吸入过滤槽内，生化棉过滤器可以避免这个问题，但是，生化棉过滤器不适应在水草水族箱或饲养大型鱼中使用。
气举动式生化过滤器又可以分为水妖精和气举过滤器。气举过滤器是水妖精的改良型。
水妖精多为成品，而气举过滤器市面上很少见到成品，大多是鱼友根据水族箱的条件自己DIY制作。
水妖精原理图：
小水妖精：
反气举过滤器 原理：
