虽然只有论文的审稿人和他的密友知道证明存在缺陷。但是好事不出门，坏事传千里，数学界迟迟没有等来怀尔斯的完整证明，关于怀尔斯根本没有证明费马大定理的流言开始传开。
数学家们要求他公开论文原稿。如果存在错误，同行们寄希望于某个人能魔术般地看清并修复这些缺陷。但怀尔斯可不这样想，凭什么自己好不容易取下的明珠要拱手让给他人。
他又重回阁楼，开始新一轮的征战，甚至怀尔斯非官方新闻联络人也无法联系到他。而这个时候，质疑的声浪越来越强，很多看戏吃瓜的人都在等着看怀尔斯的笑话。
而这个修复的工程实在太过于庞大，怀尔斯的朋友认为是他的固定思维限制住了他，建议他找一个合作者，看看是否有什么遗漏的地方，怀尔斯听从了建议，他邀请了他以前的学生著名数论学家理查德.泰勒。起初，他们尝试了理查德.泰勒所说的“局部化处理”：对怀尔斯不完备证明中使用的方法进行小的改良，从而修正错误。
泰勒
但这却于事无补。怀尔斯这个时候明白小修小补可能性已经不大，说不定还需要推倒重建。
就这样过了整整一年，到1994年9月19日，他们的努力仍然没有任何进展。在准备向世界承认失败的前一刻，怀尔斯决定“最后一次检查”最初的方法结构，试图确切地找出它不能奏效的原因。而这个时候，怀尔斯灵光乍现，在自己当初初证费马大定理时，曾经考虑过当初他自己证明的岩泽理论，岩泽理论是数论中理想类群的伽罗瓦模理论，怀尔斯证明了其中的主猜想，但是三年前怀尔斯放弃了这个理论，转而探寻其他的方法。但是现在却发现岩泽理论与科利瓦金-弗莱契方法可以修补其证明中的缺陷，并且让整个论证变得更加简洁优雅。
凭借着这一理论，怀尔斯和理查德.泰勒很快就在几个星期内修复了论文中的漏洞。1995年5月，他们在国际顶尖期刊《数学年刊》上发布了集合所有工作的两篇论文。最终的证明和附带的讨论长达130页。
