彻查并公布孙小果案的真相，关乎社会对法治公平正义的信心。政法机关对孙小果涉黑涉恶团伙犯罪展开调查的同时，纪检监察机关也成立专案组与政法机关协同办案，彻查背后的“保护伞”和涉黑涉恶腐败问题，对涉及的一百多名公职人员进行了审查调查，最终查清了这一案件中存在的公职人员徇私枉法行为。
云南省纪委监委工作人员张雪贫：中间只要有一个人是严格执法，他的这个事情就走不下去。每一个人都松这么一个小口子，最后就撕开了一个大口子。
调查发现，孙小果1998年一审被判处死刑之后，先后经历了两次改判。第一次是1999年，孙小果被判处死刑后上诉，云南省高级人民法院经二审，改判为死刑缓期两年执行。经调查，这次二审改判在事实认定和适用法律上存在错误，但并未发现徇私枉法情节。
改判死缓后，孙小果被投入云南省第一监狱，按照法律，死刑缓期两年期间没有新的犯罪，则转为无期徒刑。如果孙小果就此依法服刑，也不可能再为祸社会，然而，2003年他的母亲孙鹤予刑满释放后，又一门心思要从监狱里捞人。
孙小果母亲孙鹤予：很矛盾，也很恨他。你说不疼他吧，也不可能。 总是想让他（受处罚）能够轻一点，有溺爱在里面，这是我的问题。你说做这个母亲做得失败不？很失败，真的，很失败。
孙鹤予当时已被开除公职，但李桥忠仕途又有了起色，在五华区城管局担任局长。孙鹤予于是和李桥忠提出让他再去找关系，李桥忠也就一口答应。
孙小果继父李桥忠：他是他妈生的，他妈是我的老婆，作为他的继父，他妈提出来这个东西，（我）肯定是找熟人，更好说话，更好通融。
调查发现，正是李桥忠和孙鹤予的多方运作，致使2007年9月，云南省高级人民法院对于孙小果案启动再审，并最终由死缓改判孙小果有期徒刑二十年。这一再审改判显然极不正常。
调查组循着这次再审的流程，逐一对照每一个关口的权限和职责，由此锁定了每一关的责任人，并发现多个环节都有公职人员严重徇私枉法。
立案是启动再审程序的第一关。李桥忠打听到时任云南省高级人民法院立案庭庭长的田波和自己先后在同一个部队服役，就辗转托战友约田波吃饭，并分两次送给田波10万元，希望他在立案上予以关照。
田波自己心里其实明知，这个案子不符合立案再审条件，但同时却又有种侥幸的想法，觉得自己卖个人情或许也问题不大。
