既然一千万年前还没有分化，为什么后来就分开了呢？其实，这种“亲戚之间不来往”的现象，在自然界还是很常见的。
首先是由于食性、生活习性和栖息地点的不同，导致亲缘关系接近的类群不易交配成功。简单来说就是，狗和狐狸的祖先带领各自的部落离开了原来的栖息地，同时它们的生活习性也出现了很大的不同，以至于最终变成了两个物种。
在一千万年前，那时候狼还没有被驯化成狗，它们仍是一种凶猛的食肉动物，通过捕食野鹿、野牛等食草动物为生。但是在狼群中自然也存在一些弱势群体，它们捕捉不了这么大猎物，转而将目光投向兔子、老鼠和野鸡等小型动物，甚至有时候还会吃野果。
而狼群内部是存在阶级性的，强大的野狼和弱小的孤狼出现分化，一方离开了原本的栖息地，建立起了新的族群。
后来狐狸主要出没在野外山区，而狗被驯化后，与人类共同生活在一起。它们之间很少再见面，就算真的相见了也是敌对关系。因为狐狸下山主要是偷人类的家禽，而狗为了保护主人的财产，就会驱赶狐狸，所以它们之间有着不可逾越的鸿沟。
在两个种群老死不相往来的情况下，狗和狐狸各自的染色体也逐渐发生了变化。如果说以前它们是不想交往的话，那么在染色体变化后，它们就是想要交配也没有那个条件了。
从遗传学的角度来说，想要共同繁殖（可以产生可生育的后代），那么两个物种需要拥有相同数量的染色体和相近的遗传模式。就好比我们开锁需要有匹配的钥匙才能将锁打开；狗和狐狸的DNA完全不同，染色体数目也完全不同，导致其交配成功的可能性非常小。
狗拥有78条染色体，这和一些野生犬是一样的，例如郊狼、豺狗和澳洲野狗。所以，我们在生活中可以看到，犬类“混血儿”并不罕见。这或许是人为配种的结果，也可能是野狗和流浪狗所产生的爱情结晶。
