（13）福建省武平梁野山国家级自然保护区
福建省梁野山国家级自然保护区位于福建武平县境内，山系为武夷山脉最南端，南岭山脉东头，总面积14365公顷。该保护区类型为森林生态系统自然保护区，主要保护对象包括国家一级重点保护植物南方红豆杉种群及其良好生境，珍稀保护动植物，稀有或罕见的森林生态系统，野生兰科植物资源与生境和重要汇水区。
（14）福建省明溪君子峰国家级自然保护区
福建君子峰国家级自然保护区位于福建省三明市明溪县境内，始建于1995年，保护区总面积18060.5公顷，主要保护对象为：中亚热带、低纬度、低海拔平缓坡面的常绿阔叶林，木本药用植物种质资源，名贵用材树种种质资源，重点保护的野生动物、候鸟迁徙通道等原始森林生态系统。
（15）福建省厦门珍稀海洋物种国家级自然保护区
福建厦门海洋珍稀物种国家级自然保护区位于福建省厦门市海域，总面积33088公顷。该保护区由原有的厦门中华白海豚省级保护区、厦门大屿白鹭省级保护区和厦门文昌鱼市级保护区合并而成。福建厦门海洋珍稀物种自然保护区保护12种珍稀物种及其生境，是一个以中华白海豚、文昌鱼等珍稀海洋生物及黄嘴白鹭等鸟类为主要保护对象的自然保护区。
（16）福建省长乐闽江河口湿地国家级自然保护区
福建省长乐闽江河口湿地国家级自然保护区坐落于福州市的长乐市和马尾区境内，位于长乐市东北部和马尾区东南部交界处闽江入海口区域，保护区总面积3219公顷。该自然保护区主要保护对象为重点滨海湿地生态系统、众多濒危动物物种和丰富的水鸟资源，属于海洋与海岸生态系统类型(湿地类型)自然保护区。
