（5）福建省德化戴云山国家级自然保护区
福建省戴云山国家级自然保护区地处福建省泉州市德化县，为福建省最早建立的自然保护区之一。戴云山位于中亚热带和南亚热带的交界线上，体现出中亚热带与南亚热带气候、土壤、植被、动物、植物等的过渡特征。主要保护对象有：南方红豆杉、长苞铁杉及东南沿海典型的山地森林生态系统。
（6）福建省晋江深沪湾海底古森林遗迹国家级自然保护区
福建深沪湾海底古森林遗迹国家级自然保护区坐落于福建省晋江市深沪镇，以保护距今7500多年的海底古森林、距今9000-25000年历史的古牡蛎礁遗迹及周边海岸带典型地质地貌为主要内容的国家级海洋自然保护区，主要保护对象为海底古森林和牡蛎礁遗迹，对研究2万年前的古地理、古植物、古气候及海陆变迁等具有十分重要的价值。
（7）福建省云霄漳江口红树林国家级自然保护区
漳江口红树林国家级自然保护区位于福建省漳州市云霄县漳江入海口，保护区总面积2360hm2，为福建省最重要的湿地生态系统类型的国家级自然保护区。主要保护对象为：红树林湿地生态系统、濒危动植物物种和东南沿海优质水产种质资源。
（8）福建省南靖虎伯寮国家级自然保护区
福建虎伯寮国家级自然保护区位于福建省东南部，博平岭山脉的东南坡，九龙江西溪上游，南靖县境内南部和北部。保护区是中国南亚热带东部低纬度、低海拔唯一保存完整、连片、大面积的南亚热带雨林森林生态系统，同时也是全球同纬度具有雨林特征的、残存的、较原始的森林生态系统，具有很高的保护和科研价值。
