郭大力、王亚南合译的《资本论》
抗战时期，三家书店还面临着国民党反动统治的压迫和残害。据不完全统计, 三家书店员工中先后曾被拘捕过的有一百一十八人，其中部分人员经友好人士大力营救而获得释放，而被*害、牺牲的有十五人，他们有的被害于国民党的集中营和监狱，有的被特务暗*，有的就义于台湾的街头，有的被国民党军队和地主还乡团活埋，有的捐躯在苏北战场。而在抗战胜利后，国民党公然撕毁“双十协定”，内战不断升级。
随着国内形势的恶化，进步新闻、文化、出版事业又遭厄运，在出版业中，上海的三联书店面临的迫害更甚，他们和有关兄弟单位主办的 《新华周刊》《新文化》《群众》《民主》等刊物先后被封被禁，员工被捕被害的事件时有发生。
“狡兔三窟” 读者帮忙
要对付可怕的敌人，就不得不“狡兔三窟”，只有多设几个“窟”才能保护自身安全。当时三家书店或改名、或与他人合作、或转办副业，想方设法保存实力。生活书店于那时陆续办了几个出版社，都另立牌号独立经营，经济与人事等均与生活书店无涉。
内中规模较大的便是骆驼书店，专门出版外国文学作品，比如傅雷翻译的罗曼·罗兰的《约翰·克利斯朵夫》四卷、巴尔扎克的名著《欧也妮.葛朗台》等，因为出版的书大多又以外国古典文学为主，国民党当局抓不住它什么政治辫子，所以这骆驼书店，到上海解放前一直存在着，外界绝少知道这是生活书店所办。其余两家书店也各有化名的举措。
罗曼·罗兰著、傅雷译《约翰. 克利斯朵夫》，骆驼书店于1946年出版
1948年，局势恶劣，香港原有个小规模的生活书店分店派专人到沪，通知立即结束吕班路的门市部，切实保存好用别的牌号的机构，多余的人员一部分安排去解放区，一小部分去香港，另一部分留守上海。方学武、王泰雷和许觉民都是留在上海的，为了有个公开身份，他们在爱多亚路（今延安东路）一弄内与人合作开设了一家庆裕纱布号。公开的营业是向福州海运纱布，主要的用意是有个互相接头之处。
当时，与许觉民三人保持联系的是在《时与文》周刊当编辑的周天行。周天行每次约见他们时，大都是到许的家里，从头上戴的呢帽内层边沿中取出一张叠好的纸，向他们传达形势以及规定的任务。有时候周另带一人来，成了四个人，于是许觉民就端开方桌，倒下麻将牌，劈劈啪啪作打牌状。许的母亲有时从屋内出入，见到这一场景感到奇怪，还曾经问许为何客人一来就打麻将，打完后就匆匆离去。
上海吕班路（今重庆南路）生活书店（1945年）
1948年10月26日，生活书店、读书出版社、新知书店在香港合并成立生活·读书·新知三联书店，图为成立大会合影
除了三家书店自己采取的自救措施，他们的读者也在危难之际对他们伸出援手。有的邮政局员工提前通知三家书店领取将要被扣的 “禁书”；有的人士主动协助三家书店解决当时最难得到的车、船、飞机票，帮助书店人员及时得到转移；有的读者为书店暗藏“禁书”，甚至有个读者在乡下为书店暗藏 “禁书” 达十年之久，每年还将“禁书”晾晒一次，以免霉烂，直至解放后又将全部“禁书”完好送还，正好供书店在门市出售。
