有机肥原料一般可以发酵的物料包括：畜禽类粪便（包括厩肥）、污泥、城市垃圾、农林废弃物、泔脚和食品废品中药渣、食用菌下脚料以及谷壳、糖泥、糠醛渣、农作物秸秆等一切可回收利用的原料。来源广泛
有机废弃物中含有大量病菌虫卵，若不及时处理会传播病菌，使地下水中氨态、硝态和可溶性有机态氮浓度增高，以及地表与地下水富营养化，造成环境质量恶化，甚至危及到生物的生存。传统农家肥制作就是直接堆肥发酵，俗称厌氧堆肥。只要是在缺氧条件下利用厌氧微生物进行的腐败发酵分解，其最终产物除了二氧化碳和水以外，还有氨、硫化氢、甲烷和其他有机酸等物质，其中氨、硫化氢等物质有异臭气味。厌氧过程没有氧参加，酸化过程产生的能量较少，许多能量保留在有机酸分子中，在甲烷细菌作用下以甲烷气体的形式释放出来厌氧发酵，操作简单，省时省工，但不会产生高温，如果发酵时间过短，里面的有害菌和虫卵也*灭不彻底。而且厌氧堆肥需要的时间也很长，完全腐熟往往需要几个月的时间甚至更长时间……
随着时代改变，种植业发生翻天覆地的变化，传统的堆肥已经满足不了大量种植基地的需求。人们对有机肥发酵有了新的认识，在技术上不断优化，这一技术被大家称为好氧堆肥发酵技术。
好氧堆肥发酵的过程一般分为三个阶段。
首先是中温阶段。中温阶段也称产热阶段，是指堆肥过程的初期，堆层基本呈15～45℃的中温，嗜温性微生物较为活跃而且利用堆肥中可溶性有机物进行旺盛的生命活动。这些嗜温性微生物包括真菌、细菌和放线菌，主要以糖类和淀粉类为基质。
经过中温堆肥阶段后进入第二阶段，也就是高温阶段。当堆温升45℃以上时即进入高温阶段，在这一阶段，嗜温微生物受到抑制甚至死亡，取而代之的是嗜热微生物。堆肥中残留的和新形成的可溶性有机物质继续被氧化分解，堆肥中复杂的有机物如半纤维素、纤维素和蛋白质也开始被强烈分解。
然后进入堆肥的第三个阶段：降温阶段。在发酵后期，只剩下部分较难分解的有机物和新形成的腐殖质。此时微生物的活性下降，发热量减少，温度下降，嗜温性微生物又占优势，对残余较难分解的有机物做进一步分解，腐殖质不断增多且稳定化，堆肥进入腐熟阶段，需氧量也大大减少，含水率降低，堆肥孔隙度增大，氧扩散能力增强。
这个过程大概需要15天左右，然后自然堆放一段时间，有利于提升肥效。
相对于厌氧发酵而言，好氧发酵过程中添加了有机肥发酵剂，含有芽孢杆菌、放线菌、酵母菌、丝状真菌等多种有益微生物及其各种胞外酶类。具有分解蛋白质、纤维素、半纤维素、木质素等，并将细菌、真菌等复合而成，降解能力强，同时能够达到升温、除臭、消除病虫害、杂草种子和提高养分的效果。
发酵过程中大量有益活性菌直接参与能量转化、腐殖质形成和分解等过程，对施入后对土壤团粒结构起到胶粘作用，有效改善土壤物理性状，增强土壤的透气、保水、保肥能力，防止土壤板结和酸化，培肥地力，提高肥料利用率，降低施肥成本，使土地实现良性循环。
