后来靖难之役，明成祖继位，让杨士奇成为了翰林院的编修。之后又进入内阁，参与负责机务。在明成祖在位期间，杨士奇因为功绩屡屡升官，朱棣对他极为看中。还让他去教导太子朱高炽。
在朱棣驾崩后，杨士奇又辅佐太子朱高炽登基，杨士奇非常受朱高炽的赏识。升官至少保。朱高炽做皇帝做的不久，驾崩后杨士奇扶持太子朱瞻基继位，还在朱高煦造反的时候，为他出谋划策，免了一场战争不说，还让原本也想要造反的朱高燧心甘情愿的对朱瞻基俯首称臣。
杨士奇辅佐的最后一位皇帝就是朱祁镇，明英宗了。因为当时明英宗宠爱宦官王振，导致朝臣人人自危，在张太皇太后死后，王振更是把持了朝政。杨士奇都多次受难，在那时明朝开始由盛转衰，杨士奇也经历了这个过程。而他的儿子杨稷为人傲横，曾经因施暴*人。很多与杨士奇作对的人，就因此弹劾杨士奇，还把这些错都归在杨士奇的身上。
明英宗知道杨士奇是忠臣，所以没有怪罪杨士奇，反而还安慰他。杨士奇感恩哭泣，不久忧虑不起。正统九年，杨士奇去世，追赠太师，谥号文贞。经历了五代皇帝的杨士奇，最终因为自己的儿子忧虑过多而病逝，实在是让人遗憾。
