白滚滚与阿离这两位青丘后代也没能在结局见上一面成为观众的“意难平”，不过在官方花絮中，这两位小仙童同病相怜被父君赶出寝殿，一起数星星的场景还是十分可爱逗趣的。
遗憾三：核心部分“天命石”一语带过
凤九与帝君本来缘浅薄，这在《三生三世十里桃花》中就曾叙述，凤九砍下一条尾巴化为执念想要在三生石上刻上帝君的名字最后失败，两人无法相守各自安好。其实，在《三生三世枕上书》中对于天命石是有笔墨的。
在阿兰若之梦中，帝君使用叠咒术召唤天命使者探究两人的缘分，两个本来是无缘之人，因为沉晔与阿兰若的故事生出了浅薄的缘分。
在得知凤九为自己默默付出后，帝君霸气回应：“天命说有缘如何，无缘又如何，本君不曾惧天命，也无须天命施舍”。这一段电视剧改编就由重霖仙官三言两语一笔带过，可是这才是整个故事的核心，删除了这一段对于整个故事衔接颇为不利。
遗憾四：各类名场面被删剪，剪辑稍显混乱
《三生三世枕上书》原本有60集，可是最终播放只有56集，这4集内容的删减也让观众错失了许多的名场面，比如帝君霸气侧漏的上古大战、东华帝君用血熬粥滋养凤九神魂、凡间凤九紫衣翩翩为宋玄仁起舞、凤九不甘知鹤被宽恕捏碎茶杯、苏陌叶从蛇阵中救出阿兰若、沉晔为何误会阿兰若最终成为一生遗憾、东华喂姬蘅吃药致凤九伤心等等。
