机身结构是国内比较经典的三段式结构，上方为主板、中间电池、下方小板，主副板之间通过FPC排线进行连接。小米cc9e的主板为黑色材质（手机主板一般是黑、绿为主，工艺的好坏仁者见仁智者见智），主板左上角是4800万的3摄，镜头模组为索尼IMX586和IMX582混用。在主板的右下角竟然是转子马达，为什么用的是转子马达而不是线性马达，估计是更多的考虑副板的空间结构和物料成本，毕竟红米k20也是同样的转子马达。
拧开固定主板的螺丝拆开处理器和硬盘的屏蔽罩，其中最大的那颗，印有高通LOGO的便是骁龙665处理器，在上面还可以看到SM6125的字样，这是它在高通内部的型号。旁边稍小的那颗芯片，是堆叠封装海力士储存和闪存的芯片。可以通过观察明显它与处理器都经过了点胶处理，估计是之前引起讨论的魅族16s处理器封胶话题，现在老老实实的点胶，不敢在用户的不知道的地方马虎。
电池的话是小米cc9e主打的卖点，电池容量保持4030mAh，供应商为欣旺达电子，这是小米电池的主要供应商，之前的红米系列很多都是有它供应的电池，可以看到小米在维持纤薄机身的同时并没有牺牲电池容量，在手机日常使用续航上有不错的表现。
