在二次发酵阶段，将培养料的含水量调至70%后，均匀地铺在已消毒的室内床架上，厚度约为10厘米，关闭菇房的门窗，并利用炉火或蒸汽进行加热升温，接下来将料温稳定在55℃，维持6~8小时，当温度降至45℃时，打开门窗进行通风，排除二氧化碳、氨气等有害废气，并让料温降至38℃以下，经过二次发酵，培养料质地会变得疏松，并且含有大量的嗜热放线菌，同时散发出淡淡的菌香味。
为了确保成功栽培草菇，农民应该选择地势平坦、地下水位较低、排灌方便、交通便利的场地来建造菇房，菇房的设计要坐北朝南，并采用砖瓦结构，墙体厚度为24厘米，屋顶覆盖泡沫塑料板和石棉瓦，菇房内应设置2排床架，床架材料可采用角钢或饰木。
在菇房建造完成后，需要进行彻底的消毒，然后进行二次发酵，调整培养料的含水量并控制温度，最终达到理想的菇菌生长环境，这些措施将有助于提供良好的生长条件，确保草菇的健康生长和丰收。
在接种前，应打开门窗通风，整理培养料表面，将菌种揉碎后均匀地撒播在培养料表面上，并轻拍培养料表面，使菌种与培养料充分接触，然后使用薄膜覆盖，接种时的播种量应为干料重的4%~5%，通常情况下，每平方米的培养料需要使用一袋长25厘米×宽12厘米、重约0.4千克的棉籽壳菌种。
接种后，覆盖培养料表面的薄膜，并关闭门窗，以保持培养料的温度在35~37℃范围内，为防止发菌期间温度过高，同时，要保持培养料的含水量在70%左右，空气相对湿度为70%~80%。
为了促进菌丝的生长和菇盖的形成，应保持培养料中心温度在33℃左右，料面含水量在70%左右在菌丝生长阶段要避光，但在菌丝扭结期则要给予一定的散射光照，在催蕾促菇方面，播种后的第四天，应喷一次水使菌丝紧贴料面，促进菌丝扭结。
第六天，菌丝开始扭结时再次喷一次催菇水，当菇蕾长至花生米大小时，每天中午打开门窗，喷水后再开窗通风，空气相对湿度在85%~95%的范围内，大约3天左右可以进行采收。
