在采后管理方面，采收第一批菇后应清理料面，剔除枯死和烂菇，并通过通风使料面保持干爽，可以使用1%石灰水喷洒料面，每平方米使用2千克的水量，以促进第二批菇的生长，对于工厂化生产草菇。
采收第二批菇后可以撤去培养料，开始新一轮的栽培，在贮藏和加工方面，采下的草菇可以放置在干净的容器中进行销售，如果无法立即出售，应放置在室温约20℃左右的环境中存放，避免置于低于15℃的低温环境冷藏。
草菇在生长过程中会面临一些主要的病虫害问题，其中，病害方面主要包括褐腐病、白绢病、菌核病和猝倒病，而由于管理不善可能引起脐状、开裂和菇蕾萎缩等问题，虫害方面则涉及蚊蝇类、螨类、线虫和蛞蝓等，为了有效防控病虫害，我们需要采取相应的措施，防治的原则是在子实体生长期严禁使用农药，可以根据具体的病虫害种类有选择地施用高效低毒的*菌剂和*虫剂。
在农艺方面，可以选择抗病性强的菌种，并确保菌种没有携带病虫卵，使用新鲜、优质且无霉变的培养材料，在培养料的配制中，限量使用含氮量较高的辅料，如麦麸和禽畜粪，并严格遵守培养料的发酵操作程序。
此外，要确保环境温度和湿度处于规定的范围内，物理防治方面，要保持菇场内外的清洁卫生，加强环境消毒，菇房和床架需要进行熏蒸消毒，地面可以撒布石灰，如果发现培养料面带有杂菌，应立即挖出并用*菌剂进行处理，以防止病害的蔓延。
草菇的采摘是在子实体达到适宜成熟度时进行的重要工作，最佳采摘时期是当草菇的子实体呈蛋形或卵形，外菌膜未破裂，菌柄未伸长，并且大约八成成熟，为了保持鲜菇的品质和口感，建议早晚各进行一次采摘，避免在中午高温时采摘。
在采摘草菇时，可以用一只手轻按住菇周围的培养料，然后轻轻旋转菇体并拧下，接下来，使用不锈钢刀将菇体基部的草屑和泥沙削去，对于生长密集的球菇，应一起采摘，以避免损伤其他菇体。
