科学定论很谨慎，商家宣传很大胆
作为一个火爆的千亿市场，这个市场的问题也不少，其中最被诟病的，是钱花了，但是效果，很难说。
益生菌的种类、菌株多且复杂，事实上学界对于益生菌实际功效存在诸多争议和不确定，连益生菌是不是真的对人体有益其实还是个问题。2019年2月1日发表于《柳叶刀》消化分刊的一篇社论认为益生菌补充剂“浪费钱”。
吃了可能没用，但至少没害，还能让人减少恐慌。这是很多消费者对待保健品包括益生菌的态度。但这与世界顶尖科学期刊《Cell》发表论文中最新研究结果明显相悖。一个常见的现象是，使用抗生素容易引起肠道功能紊乱，在婴幼儿群体中尤其明显。当下人们乃至医生普遍认知的是通过服用益生菌有助于尽快恢复肠道功能健康。然而上述研究结果表示在使用后抗生素，服用益生菌有潜在的副作用，甚至可能带来长期的不良后果。
当然，也有不少证据表明，特定益生菌对特定适应症是有效的，不过某个菌株有这个功效并不代表所有益生菌具备这个功效，与此同时，《Cell》的另一项研究发现，即使面对同一种益生菌，不同人的使用效果也会存在显著差异。
另外，不能只强调菌群，“抛开剂量谈功效都是耍流氓”在益生菌上也适用。益生菌健康功能起效建立在有足够数量的活菌能够到达肠胃，并且保证这些益生菌在体内能保持正常活性和代谢。
而益生菌在到达肠道之前会暴露于胃液和胆汁内，这些酸性较强的环境导致大部分菌群在到达小肠或者结肠前就已死亡。因此很多企业宣传的益生菌含量都是产品出厂时或者添加的含量，消费者使用后，具体有多少能到达肠道、发挥具体的作用，是不清楚的，换句话来说就是“玄学”。
