论文中过多引用参考文献，给人的感觉不是治学严谨，而是作者对论文内客极度地不自信。
——William C. Roberts
一、要遵循规则就像致谢一样，参考文献部分也有需要遵守的特定规则。
第一，只列出已发表的有影响的参考文献。尽量不要引用未发表的数据、摘要、论文或其他间接材料。如果实在需要引用这类材料，可以用括弧标注出来，或像一些期刊允许的那样在正文中用脚注标注出来。已被接收、将要发表的论文可以引用，但要在将发表该论文的期刊名后注明“In Press”或“Forthcoming”(即将出版)。
其次，在投稿前要对照所引用文献的原始出处，仔细检查参考文献部分。在投稿被接受后，也最好对校样再做检查。有经验的图书管理员知道，论文里出现错误最多的部分就是参考文献。
还要记住的是，检查的时候要确信在论文正文中引用的文献都确实列在参考文献部分中，也要确信列在参考文献部分的文章都确实在正文中被引用到。
二、参考文献的格式各种期刊在引用参考文献的格式上有很大不同。有人查阅了52种科技期刊，发现这些期刊使用了33种不同的参考文献格式(M.O'Connor，Br.Med.J.1[6104]:31,1978)。有些期刊会给出所引用文献的全名，有些则不会;有些期刊要求论文给出所引用文献的页码范围，有些则只要求给出所引用文献的首页页码。聪明的作者会搜集好所引用文献的所有相关条目，这样在撰写论文的时候就具备所有必要的信息。要对已有的信息做删减和编辑是很容易的;但要重新搜索二十多篇甚至更多的论文，用来将参考文献的题名和页码补齐，却非常费劲。即使知道欲投稿期刊通常采用精简的参考文献格式(比如，不给出题名)，最好还是为所有引用的参考文献做完备的记录。这种做法可取是因为
(1)当前选定的投稿期刊可能会拒绝录用该投稿，到时可能将论文做修改，另投其他期刊(这家期刊的要求同以前的投稿期刊的要求很可能不同);
(2)很有可能在以后撰写科技论文、评论性论文或者书籍的时候会再用到这些参考文献，而很多类型的写作经常要求给出所引用文献的完整条目。在向一家期刊投稿前，最好对照该期刊的《作者须知》来检查论文的参考文献格式。如果投稿中参考文献格式与期刊要求的格式有很大出人，期刊编辑和审稿人有可能认为这份投稿是被其他的期刊拒稿后才转投过来的，也可能认为论文作者粗心大意，敷衍了事。
尽管有很多种参考文献引用格式，大多数期刊还是使用三种常用格式中的一种。这三种常用格式是：“著者姓名-出版年”(name andyear)格式，“字母-数字”(alphabet-number)格式和“引用次序”(citation order)格式。
2.1 署者姓名-出版年格式
著者姓名-出版年格式，又称哈佛(Harvard)格式，已经流行多年，很多期刊和书籍都使用这种文献引用格式。这种格式很大的一个优点就是方便作者。因为参考文献不用编号，所以作者可以随时添加或删减参考文献。不管作者对参考文献书目做多少次修改，正文中引用文献的标注--如“Smith和Jones(2005)”--不受影响。如果引用Smith和Jones在2005年发表的两篇论文，那么只要做简单变动即可，即第一篇标注为“Smith and Jones(2005a)”，第二篇标注为“Smith andJones (2005b)”。这种格式的缺点是对读者和出版商不方便。当读者阅读论文时，特别是在阅读论文的导论部分时，会发现一个段落甚至一个句子里大量引用参考文献，这导致读者经常要跳过多行引用文献的标注才能继续阅读下面的正文。接连引用几个参考文献会对读者阅读和理解论文造成一定干扰。对出版商来说这种格式的缺点很明显，就是增加印刷成本。如果“Smith，Jones，andHigginbotham(2005)”可用简单的引用文献标注“(7)”来代替，那么出版商就可以降低印刷成本。
由于一些论文的署名作者人数太多，很多采用著者姓名-出版年参考文献格式的期刊都采纳了“et al.”(等)的规则，这个规则是这样使用的：如果所引用的论文作者人数只有一到两位时，引用文献就标注成“Smith(2005)”或“Smith and Jones(2005)”;如果所引用的论文有三位作者，在第一次引用该论文时应该标注成“Smith，Jones，andMcGillicuddy(2005)”，以后在文中再引用到该论文时就可标注成“Smith et al.(2005)”这样的简短形式;如果所引用的论文有四位或四位以上的作者，在第一次引用该论文时就应该用“Smith et al.(2005)”来标注。在参考文献部分，有些期刊要求把文献的所有作者都列出来(不管有多少名作者);有些期刊仅将文献的第一作者列出，并在第一作者后注明“et al.”。对于按照“UniformRequirements for Manuscripts Submitted to Biomedical Journals，(International Committee of Medical Journal Editors, 2004)准备的论文，International Committee of Medical Journal Editions (2003)指出，如果参考文献的作者人数超过六名，要将前六名作者姓名全都列出来，之后的作者一律用“et al.”指代。
2.2 字母-数字格式
这种格式是著者姓名-出版年格式的一种变体，它在论文正文中用数字来标注引用的文献，而数字是根据文献中的字母顺序编排出来的。使用这种文献引用格式可以降低出版费用。对论文作者来说，编辑论文时也会容易一些(特别是当论文参考的文献非常多时)。对于读者，特别是对于图书管理人员来说，阅读和理解论文也很方便。
习惯了使用著者姓名-出版年格式的作者可能不会喜欢字母-数字格式，他们认为字母-数字的文献引用格式有欺骗读者的嫌疑，因为读者根本无法从一个表明顺序的数字看出被引用文献的作者和被引用文献发表的年份。而所引用文献的年份，比如是1904年还是2004年，对于读者的意义可能是完全不同的。
好在上述的不足有办法弥补。在论文正文中引用文献时，要多想想文献的作者名或文献发表的年份是否重要;如果不是那么重要(其实大多数情况正是如此)，就可以直接使用数字来标注要引用的文献：“Pretyrosine is quantitatively converted to phenylalanine underthese conditions (13).”如果想注明所引用文献的作者名，可以将作者名加插在句子中：“The role of the carotid sinus in the regulation of respiration wasdiscovered by Heymans(13).”如果想注明所引用文献的发表年份，同样可以将年份加插在句子中：“Streptomycin was first used in the treatment of tuberculosisin 1945 (13).”
2.3 引用次序格式
引用次序(citation order)格式按照引用的文献在论文中出现的顺序来为文献编号。这种格式避免了像著者姓名-出版年格式那样浪费版面。读者在阅读论文正文时如果遇到引用文献，通常能很快在参考文献部分找到对应的文献。所以，读者一般都很喜欢这种引用文献的格式。如果论文篇幅较短，引用的参考文献较少，这种格式非常有用。如果论文篇幅较长以致论文中大量引用参考文献，这种格式就未必那么合适。这对作者来说不方便，因为如果要添加或删减参考文献，就要重新排列文献在论文正文的引用次序;对读者来说也不好，因为参考文献是按在论文正文中引用的次序来排列的，这会导致几篇由同一作者发表的论文在参考文献部分被分隔开来。
本书第一版里提到字母-数字格式“看来正日渐盛行”(“seemsto be slowly gaining ascendancy)，然而此后不久，UniformRequirements for Manuscripts Submitted to Biomedical Journals(《生物医学期刊投稿统一要求》)的第一版发行，提倡在生物医学期刊上采用引用次序的文献引用格式。这种统一要求已经为好几百种生物医学期刊接受。所以现在还不好说到底是哪种文献引用格式正“日渐盛行”。《生物医学期刊投稿统一要求》在诸多方面都阐述得不错，所以很有影响力，它与美国国家标准协会(American National Standard Institute)1977年公布的一个标准有很多共同之处。不过在文献引用方面，其他引用格式也使用得很广泛。比如生物编辑委员会，也就是现在的科学编辑委员会，于1994年决定在它发行的格式指南第六版中使用著者姓名-出版年的文献引用格式。在格式指南正文中，Scientific Style and Format 部分认可“著者姓名-出版年”和“引用次序”这两种文献引用格式。《芝加哥格式指南》(Chicago Manual ofStyle)一贯被视为学术发表中的“圣经”，在2003年发行第15版的时候，为了保持与以前版本的一致，建议作者在撰写物理学、自然学和社会科学论文时采用“著者姓名-出版年”的文献引用格式。
三、文献题名和页码范围在参考文献部分是否应该给出文献的题名呢?通常要遵守期刊的格式要求，如果欲投稿期刊对参考文献的格式没有强制要求，最好还是给出完整的文献信息。指出文献题名，能帮助有兴趣的读者决定是否有必要去阅读论文引用过的文献。
在参考文献部分给出文献的页码范围(第一页页码和最后一页页码)能让读者知道引用的文献到底是l页长的短文还是50页长的评论性文章。显然，参考文献的页数不同，读者或图书管理员为获得文献的副本所花的费用也将不同。
四、期刊缩写尽管各种期刊格式不尽不同，但近年来各种期刊都在参考文献部分对文献所属期刊规定采用缩写形式。白1969年美国国家标准协会推出投稿标准以来，几乎所有主要期刊和文献索引服务都使用相同的缩写规则。以往，大多数的期刊都会缩写参考文献部分的期刊名(采用期刊缩写形式可以节省不少排版费用)，但那时没有缩写方面的统一规则。像“Journal of the American Chemical Society”这样的期刊就有好几种缩写：“J.Amer. Chem. Soc.”，“Jour.Am.Chem.Soc.”、“J.A.C.S.”，等等。这些不同的缩写给读者和出版商都带来不少麻烦。
而现在已有了统一的缩写规则：“Journal”缩写为“J.”(有些期刊把缩写后的小圆点也进一步省略掉)。只要熟知一些缩写规则，无须查阅其他缩写列表就能给出许多期刊(包括不熟悉的期刊)的缩写。比如，所有以“ology”结尾的词都可缩写成以“l.”结尾(“Bacteriology”可缩写成“Bacteriol. ”，“Physiology”可缩写成“Physiol.” 所以，如果记住期刊名中常用的缩写规则，就可以很容易地用缩写里给出的大多数期刊题名。这里有一个例外，如果期刊名只有一个词，那么就不要采用任何缩写(例如，Science 和 Biochemistry )。附录A给出了很多期刊名的正确缩写形式，也可以从文献数据库中查找期刊名的正确缩写。
五、正文中的引用许多作者在论文正文中引用文献时都有些漫不经心。常见的错误就是“随意引用”(handwaving reference)，即作者仅告诉读者可以参阅“Smith的重大贡献”(Smith's elegant contribution)，而不告诉读者Smith到底做了什么贡献或Smith的贡献同当前论文有什么联系。如果真有必要引用文献，就应该让读者知道为什么要引用这篇文献。
更糟的是，有些作者在论文中对文献作者出言不逊。绝对不可以这样写：“Smith (2004) totally overlooked…”或者“Smith(2004) ignored…”;应该用公正而谦逊的口吻写为：“Smith (2004) did notstudy…”。
有些作者习惯于把所有文献引用都放在句子末尾，这样做是不对的。文献引用应该放在句子中合适的地方，而不论是在句首、句中还是句尾。Michaelson(1990)列举了这样一个例子：We have examined adigital method of spread-spectrum modulation for multiple-access satellitecommunication and for digital mobile radiotelephony.1,2
如果我们把上面的句子修改一下，文献引用就会明显好很多We have examined a digital method of spread-spectrum modulation foruse with Smith’s development of multiple-access satellite communication1 andwith Brown's technique of digital mobile radiotelephony.1, 2
六、不同参考文献格式的实例为了让读者更好地理解三种文献引用格式，我们给出三个参考文献在三种不同文献引用格式下的表达方式。(在有些期刊里，这三个参考文献的表达方式可能略有出入，因为不同期刊在使用粗体和斜体时规则有所不同。)
6.1 著者姓名-出版年格式
Gastel，B.2005.Healthwriter’s handbook.2nd ed.Ames(IA):Blackwell Publishing.
Gilden, D.H. 2004. Bell’s palsy. N.Engl. J.Med.351:1323-1331
Yuan, X., S. Xiao, and T.N. Taylor. 2005. Lichen-likesymbiosis 600 million years ago. Science 308:1017-1020
6.2 字母-数字格式
1.Gastel, B. 2005. Health writer’s handbook. 2nd ed.Ames(IA):Blackwell Publishing
2. Gilden, D.H. 2004. Bell’s palsy. N.Engl. J.Med.351:1323-1331
3.Yuan, X., S. Xiao, and T.N. Taylor. 2005. Lichen-likesymbiosis 600 million years ago. Science 308:1017-1020
6.3 引用次序格式
1. Gilden, D.H. 2004. Bell’s palsy. N.Engl. J.Med.351:1323-1331
2.Yuan, X., S. Xiao, and T.N. Taylor. 2005. Lichen-likesymbiosis 600 million years ago. Science 308:1017-1020
3.Gastel, B. 2005. Health writer’s handbook. 2nd ed.Ames(IA):Blackwell Publishing
除了不是按首字母顺序来排列文献之外，引用次序格式对应的参考文献中还省略掉缩写后的句点(比如期刊名后的缩写句点)，以及作者名首字母后的句点和作者姓之后的逗号。
七、引用电子文献由于Internet的飞速发展，出现了越来越多适于引用的电子文献。现在有大量的科技论文发表在电子期刊上，或是同时以印刷版本和电子版本发行。此外，很多网上的科研报告、数据库及其他科技文章都可以作为参考文献被引用。
因此，引用电子文献应该遵守的格式也日渐发展起来。最近的格式指南和期刊的《作者须知》中都会给出电子文献的编排格式。如果在论文中要引用电子文献，应先查阅欲投稿期刊的《作者须知》，其上可能直接给出电子文献编排格式，或者是告诉作者从哪里可以获得电子文献编排格式指南。此外，也可以查阅该期刊上已发表的论文，参考这些论文对电子文献的引用格式。
八、引用文献时的电子辅助工具常用的文字处理软件都提供创建脚注(footnote)和尾注(endnote) 的功能，并可以为脚注和尾注进行编号。这些功能可以辅助作者引用文献，以及在参考文献部分编排文献。(但是有些期刊建议不要使用文字处理软件中的这些功能，因为这些功能反而会妨碍出版进度。欲知详情，可以查阅期刊的《作者须知》。)
此外，一些文献管理软件(比如，EndNote、ProCite、Reference Manager)可以帮助建立文献数据库，以生成适用于不同期刊的文献列表。还应向同事请教，看他们是如何使用电子辅助工具来引用文献的。同事的建议可以帮助你充分利用辅助工具，并以科研领域惯用的方式来引用文献和撰写参考文献部分。
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