1、注意益生菌的保存
益生菌大多是不耐高温的，温度超过40摄氏度时活性便会降低并不可逆。为了保证益生菌的活性，当室内温度高于20摄氏度时，建议可以放冰箱冷藏保存。有些袋装粉剂的益生菌，开封后如果没有吃完，应该立即封口放冰箱或者丢弃，以免有害菌入侵，影响效果。
2、食用的时间要把握好
益生菌对胃酸依然很敏感，正常胃酸PH值为1.8左右，这样的环境不利于益生菌的存活。因此需要找到胃酸低，即PH值相对较高的时机服用益生菌。
最好餐后食用益生菌。传统认为婴幼儿空腹时的胃酸PH值为4-5，但是据国内外研究得出，新生儿（28天内）空腹胃酸PH值为2.3左右，1岁以后PH值为1.9左右，已经接近成人水平，空腹时由于饥饿和受到食物诱导时，中枢神经会“指挥”胃部分泌更多的胃酸，这样的环境显然是不适合益生菌生存的。此外，早上刚起床时分泌的胃酸较少，但是能否达到适合益生菌生存的PH值，还没有找到理论依据，尚有争论，因此这里也不建议早上空腹食用益生菌。
3、不建议和饭一起吃
进食后食物对胃壁的刺激，中枢神经进一步指导胃酸分泌增多，在胃部消化的初期，胃酸分泌逐渐达到高峰，因此在吃饭时补充效果也不好；至少在餐后半小时或1小时后摄入益生菌，此时已经达到了饱腹感，胃酸的分泌有所减少，加之此时食物还在胃中，可以中和胃酸，PH值有所升高，大大减少了对益生菌的破坏。
4、注意益生菌的冲调方式（固体冲剂类）
用温开水冲调，水温不能超过37摄氏度，避免高温*死益生菌。如果婴幼儿不爱吃，想加在奶粉里服用，不能先放益生菌，因为冲调奶粉的水温一般都高于40摄氏度，可以将奶粉冲调好后，温度低至37度时（手腕滴奶液温热无汤感），再加入益生菌。发酵制品中的酸奶、奶酪最好不要加热再吃，注意这类奶制品宝宝1岁以后才能开始少量摄入。
5、选对益生菌种
益生菌种类繁多，每种益生菌的作用都有其特殊性，很多作用都还需要进一步去研究，去发现，但是目前也取得了一些客观的收获，比如一些益生菌在肠道中定殖位置，特殊作用等。举几个例子：
调理便秘：尽量选择含有双歧杆菌的益生菌，双歧杆菌可以到达大肠并定殖，促进肠蠕动，帮助排便效果更好。
过敏体质者：可选择含有罗伊氏乳杆菌、鼠李糖乳杆菌的益生菌，这两种菌在改善过敏性体质方面效果更佳。
乳糖不耐受：可以选择含有嗜热链球菌的益生菌，这种菌可以直接分泌乳糖酶，且定殖于小肠的上半部分，对缓解乳糖不耐受有更积极的效果。
第一， 益生菌厌氧，服用时应该尽量避免和空气接触
比如，给孩子吃益生菌时，一旦冲好就要尽快服用。为什么呢？原因很简单——粉末状的益生菌原本处于休眠状态，遇到水就“活过来”了。此时，就会被空气中的氧气“干掉”，所以在它们“阵亡”前，要赶紧吃下去。
有家长可能会说，我家娃娃还太小，喝得慢，难免会有益生菌阵亡呀，怎么整？你可以把粉末倒进小勺里一点儿，冲上水，这也就是“一口”的量，然后给孩子迅速喝下去。之后再冲下一勺，反复几次，一包益生菌也就吃完了。
温馨提示：即便是干粉末状的益生菌，保存的时候也尽量避免和空气接触，因为空气中也有水分呀，还是会让益生菌失效。
第二， 益生菌怕烫，冲水时水温不要超过37℃
作为活菌，且又在人体内存活，益生菌的最佳生长温度和人类肠道正常温度相近，大约是38℃。
所以，冲益生菌制剂的水温，最好不要超过38℃，不然益生菌就被烫死了~
第三， 益生菌不要与抗生素同食
抗生素是*细菌的，而且是个“盲人*手”，不分好细菌和坏细菌，是细菌就*；而益生菌也是细菌哇，所以抗生素和益生菌同食，结果就是——没被空气*死、没被热水烫死的益生菌，好容易到了肠道里，被抗生素搞死了……
