《九阳真经》在金庸小说中第一次出现是在《神雕侠侣》最后一回中，觉远大师凭借此书震惊当时的绝世高手东邪黄药师、西狂杨过、南僧一灯大师、北侠郭靖、老顽童周伯通等人，但经书也被尹克西带到了昆仑山中。
在《倚天屠龙记》，张无忌在昆仑山的白猿腹中得到经书，并凭借此经威震武林成为一代高手。
觉远大师圆寂之际，蒙眬呓语部分《九阳真经》经文，张三丰、郭襄、无色大师默记了一部分。
当年传得《九阳真经》的三位，悟性各有不同，根柢也大有差异。
武功是无色大师最高；郭襄所学最博；张三丰当时武功全无根基，正因如此所学反而最精纯。
是以少林、峨嵋、武当三派，一个得其「高」，一个得其「博」，一个得其「纯」。三派武功各有所长，但也可说各有所短。
张三丰和郭襄后来成为武当派和峨嵋派的创派祖师，「九阳神功」启发武当、峨嵋开宗立派的武功，及无色后少林派受益匪浅，主要根源在这一部分的『九阳神功」，又名《武当九阳功》，《少林九阳功》和《峨嵋九阳功》。
张无忌先后练过《武当九阳功》和《九阳真经》，发现《武当九阳功》只有不足十分一的经文，不足十分一的内容也足够壮大少林派，成为武当、峨嵋创派的奠基。
在最初的版本里面，九阴九阳都是达摩创的。在旧版《倚天屠龙记》 （原名《天剑龙刀》）里面有很明显的论述：九阴真经偏向外用，九阳神功偏向内功。
但是这样一来，中国最高深的两门武功都来自外国人，这未免让以中国功夫为荣的国人们觉得面上无光，而且这样的中国功夫不能算是真正的中国功夫。大概后来读者们反馈了这个问题，或者是他的朋友的一些说法影响了他，金庸自己也觉察到了这个问题，他在《射雕》里面用了整整一章来写九阴真经的出处，把这部经书的知识产权从达摩手里转给了黄裳，达摩则是《易筋经》和《洗髓经》的作者，改倚天屠龙记的时候他也曾大费力气地写“西域武功比起中国学问，毕竟中原的学问更为精深”。
金庸在最新修改版本中将作者写成与王重阳斗酒的一位奇士，后王重阳将《九阴真经》借与此人看，此人觉得九阴真经阴气太重，后躲进少林创作九阳真经，此功，可出氤氲紫气，可随意扩散到体内、体外，可刀枪不入，水火不侵，毒气不生，物化不之，金刚不坏之躯也随之而来。
