清代的行政区划自上而下分为省、府、州、县四级，这是最通俗的说法。但要仔细分析起来，要比这个更加详细。清代地方区划的主要特点，就是分为“一般行政区”和“特别行政区”，下面就仔细介绍一下这两者的不同情况。
一般行政区
一般行政区通称为“直省”。清初，划分全国为十八行省，计：直隶、山东、山西、河南、湖北、湖南、江苏、江西、安徽、浙江、福建、陕西、甘肃、四川、广东、广西、云南、贵州。不过，省的划分经历了两次变化：一是康熙三年（1664年），分湖广为湖北、湖南二省；分江南为江苏、安徽二省。经过这次改变，才有了十八省之治。二是光绪年间的变化，光绪十年（1884年），新疆建省，光绪十一年，台湾建省，光绪三十三年，东北地区建奉天、吉林、黑龙江三省，全国共为二十三省。
按清制，各行省下设府，与府同级的有直属于布政使司的直隶厅和直隶州；府属的行政单位为县，与县同级的有一般散州和一般散厅。“厅”原非固定的行政单位，由于知府的佐贰官同知、通判多分驻某一地方，遂逐渐以其办事处所“厅”为固定的行政单位。“州”一般是因地而特设。按《清光绪会典》卷四记载：全国共设府一百八十五、直隶厅三十四、直隶州七十三、散厅八十七、属州一百四十五、县一千三百十四。
清代地方省、府、州、县，均按照等级划分。各行省，按户口之多寡、幅员之广狭等条件划为三等，即大省、中省、小省。比如直隶、山东等属于大省、安徽、江西属于中省、甘肃、贵州属于小省。因为有等级之分，所以各省规定的赋税额度不同，在其他方面也是如此，比如科举考试录取的数量也是按省分配，生员大省一百名、中省七十名、小省五十名。
各府、州、县的等级，是以户口、冲要分大小。顺治十二年正月谕称：“知府乃吏治之本，其最要者，如：直隶之真、保、河间，江南之江宁、淮、扬、苏、松、镇，浙江之杭、嘉、湖、绍，山东之济南、青、兖，山西之太原、平阳，河南之开封、彰德，陕西之西安、延安，江西之南昌、吉安，湖广之武昌、荆、襄，福建之福州、泉州，共三十府，或政事殷繁，或地方扼要，著在京各衙门满汉堂官三品以上及在外督抚，各举才能兼优堪任知府者一人具奏，吏部再加察议，奏请定夺，以备三十处知府之用。”
顺治这道谕旨钦定三十府为上等，并让吏部依地方繁、简，将府、州、县分为三等，所用之官员也分为三等。此后，划分的标准又有所变动，以“冲”、“繁”、“疲”、“难”四字定各省府、州、县缺。
特别行政区
清代划定的特别行政区有三类：
其一，清代以北京为首都，京畿地区设顺天府，领五州、十九县；以盛京为陪都（亦称留都），除设盛京将军及盛京五部、内务府外，设奉天府，领二府、四厅、五州十四县。
其二，清尊崇东北地区为“龙兴之地”，另外，其入关前即是以八旗制度为行政管理体制，因而以东北地区为特别区，以原来的集聚地即明代各卫为基础建立各城置八旗驻防将军、都统、副都统等领各地。盛京将军辖十五城，吉林将军辖十七城，黑龙江将军辖七城，又分各边门及打牲处、游牧处之特别管理处。
其三，各少数民族地区。清设少数民族区有五：内蒙古地区，辖科尔沁等二十四部共四十九旗，及察哈尔游牧八旗。外蒙古地区，辖喀尔喀部八十三旗，杜尔伯等部三十一旗。新疆地区，设伊犁将军，辖惠宁、惠远、乌鲁木齐、库尔喀喇乌苏、吐鲁番、巴里坤、古城、哈密、阿克苏、库车等城。青海地区，设八旗驻防大臣，辖青海蒙古五部二十九旗，青海和硕特部二十一旗等，并设有西宁镇、道。西藏地区，以驻藏大臣统领前后藏，以达赖驻拉萨、班禅驻日喀则，并设有各边营。
此外，在云南，贵州、广西、四川、湖南的少数民族集居区，另划定府、州、县以土官治之。值得说明的是，在各省下属还有道这一级，因道大多为专管某一领域的官员，严谨地说不算是地方行政区划，也就不列其中了。
