《全国人民代表大会常务委员会关于修改中华人民共和国个人所得税法的决定》（主席令第九号）第六条第一款“应纳税所得额的计算”中第（一）项规定，居民个人的综合所得，以每一纳税年度的收入额减除费用六万元以及专项扣除、专项附加扣除和依法确定的其他扣除后的余额，为应纳税所得额。
这项规定明确了居民个人在计算应纳税所得额时，需要从收入额中扣除一些费用，包括基本养老保险、基本医疗保险、失业保险等社会保险费和住房公积金等专项扣除，以及专项附加扣除和依法确定的其他扣除。
《个人所得税法实施条例》（国务院令第707号）第十三条第二款规定，专项扣除、专项附加扣除和依法确定的其他扣除，以居民个人一个纳税年度的应纳税所得额为限额；一个纳税年度扣除不完的，不结转以后年度扣除。
这意味着在一个纳税年度内，居民个人可以扣除的各项费用是有限制的，如果超过限额则不能结转到以后年度扣除。对于缴纳的社保和住房公积金在个人所得税前扣除的问题，上述《个人所得税法》及其实施条例只是一般规定，对于补交的情形并没有明确。因此，在实际操作中，部分地方税务机关会根据具体情况进行灵活处理。
近期，一些单位在申报个人所得税时，对于如何进行个人住房公积金的补扣存在一些疑惑。根据《自治区地方税务局关于补缴住房公积金基本养老保险费基本医疗保险费失业保险费有关个人所得税问题的通知》（桂地税发〔2006〕40号），个人按照规定补缴的基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、住房公积金，允许从其提出申请当月的工资、薪金所得中扣除，不足扣除部分允许在以后月份工资、薪金所得中逐月扣除。
那么，如何在自然人扣缴客户端上进行申报呢？可以在补缴当期的“其他扣除”中填写补缴的住房公积金，并在备注栏注明“补扣（具体月份）住房公积金”。
企业遇到这种问题时，要与主管税务机关沟通，确认当地的执行口径。
