1786年2月7日，演出了歌唱剧《剧院经理》。同年，创作了歌剧《费加罗的婚礼》，5月1日，趣歌剧《费加罗的婚礼》演出于维也纳，这次演出又击败了妒忌者的阴谋，获得很大的成功。台本作者达·篷特（1749一1838）接着又写了《唐璜》的歌剧剧本，仍由莫扎特作曲，1787年10月29日在布拉格演出，受到听众的热烈赞赏。不久（11月15日）格鲁克去世，皇帝就任命莫扎特为宫廷作曲家，年俸800古尔盾，以接替格鲁克。
1789年，莫扎特伴随卡尔·利希诺夫斯基亲王去柏林，为德累斯顿宫廷演出，并在莱比锡的托马斯教堂演奏。国王威廉二世在波茨坦听了他的演奏后，授以第一皇家指挥之职，年俸3000塔勒，但莫扎特不愿背弃奥地利皇帝的任命，只好婉言谢绝。威廉二世还是约他写了三首四重奏，给以重酬。皇帝听说此事，立即授命莫扎特创作趣歌剧《女人心》，1790年1月26日演出于维也纳。不久，皇帝晏驾，利奥波德二世继位。这一年的10月，莫扎特去法兰克福参加了新皇帝的加冕礼，但新皇帝对他漠不关心，使他大为失望。这时海顿要去伦敦，莫扎特及时赶回维也纳和他的忘年之交的老朋友告别。
1791年，利奥波德二世要在布拉格加冕为波希米亚国王，邀请莫扎特创作一部在举行加冕礼时演出的节庆歌剧《梯托的仁慈》。1791年9月6日，这部歌剧在加冕礼的前夕演出。莫扎特回到维也纳后，又致力于最后一部歌剧《魔笛》的创作。同年9月30日，《魔笛》演出于维也纳，演得非常成功。这时，莫扎特的身体已经十分衰弱。有一天，家里来了一个陌生人，委托他写一部安魂曲。
他在创作这部作品时，怀着一种不祥的预感，幻想着这个陌生人是从另一世界来宜告他的死亡的。后来才查明这个陌生人是瓦尔塞格伯爵的管家洛伊特盖布，伯爵新近丧偶，想请人代笔写一部安魂曲，冒充是自己的作品。莫扎特未及写完这部作品，就于1791年12月5日死于恶性斑疹伤寒，葬于圣玛利贫民墓地。出殡时风雨交加，送葬者都在半路折回，后来竟无人能够知道他确切的葬身之地。那部未完成的安魂曲，是由他的学生绪斯迈尔（1766一1803）续写完成的。
莫扎特自从走上自由作曲家道路，到他逝世的十年间（在维也纳的10年，成为他创作中最重要的10年），是莫扎特一生最重要的创作时期。这期间的作品，无论是歌剧还是交响曲，都展现出新的风貌。这些作品反映了处于上升阶段的资产阶级所具有的坚定、乐观的阶级意识，表现了维也纳进步知识分子典型的思想感情。然而，作为第一个力图挣脱束缚、维护自己尊严的艺术家，他在享受“自由”乐趣的同时，也对“自由”的艰辛有了更实际的体验。在莫扎特的音乐作品里，体现了他的悲伤、愤懑、甚至抗议，同时仍然对美好的未来抱着天真、诚挚的向往，一旦打开那美丽的外壳，就会迸射出如火的激情。
