三层，图片来源网络
三层普明圆觉称瑜伽层，供奉以大日如来佛为中心的瑜伽部佛像五尊，即金刚界毗卢佛、成就佛、最上功德佛、普慧毗卢佛和度生佛，均着菩萨装，全跏趺座。瑜伽部五尊佛像均着菩萨装，全跏趺座。佛龛汉文：“此层供奉瑜伽品佛,应念瑜伽品内金刚界毗卢佛、成就佛、最上功德佛、普慧毗卢佛、度生佛等经”。
四层，图片来源网络
顶层称无上层，也是最为神秘的无上瑜伽部三位主尊佛所在，供奉密集金刚、大威德金刚、胜乐金刚各一尊，位置与底层坛城的主尊保持一致，拉萨上下密院主修的就是这三大金刚。这三尊造像体积虽小但工艺高超，制作精美。
雨花阁密宗四层佛像合计26尊，每一尊神都有其确定位置，它们的排列组合与密宗仪轨紧密相关。每年四月初八日，宫中派喇嘛5名在雨花阁无上层诵大布畏坛城经。二月及八月初八日，各派喇嘛10名在瑜珈层诵毗卢佛坛城经。三月及六月初八、九月及十二月十五日，各派喇嘛15名在智行层诵释伽佛坛城经。每月初六日，在德行层安放乌卜藏经。
有人说，雨花阁不对外开放是因为里面供奉着双身佛，不雅，这一说法为雨花阁增添了不少神秘感。可是在看过雨花阁狭小的空间，还要爬楼后，你就会了解，这处实在不是个适合对外开放供上万游客参观的地方。
图片来源故宫官网，气象果然不一样哈
注：文中图片除说明外，均为本人2019年10月31日实地拍摄
