最初，纳豆的制作是将煮熟大豆用稻草包起来，放在湿度较大的地方，当大豆表面产生白色粘稠物，即发酵完成。
日本江户时代的中后期，民间的纳豆制作作坊逐渐流行起来，由于是用稻草包裹，因此当时纳豆制作容易受到杂菌污染，制作工艺不卫生也不规范，食品安全得不到保障，为了改善杂菌发酵的问题，20世纪初，日本科学家分离纯化了纳豆菌（纳豆菌是枯草芽孢杆菌的一个亚种），实现纯种纳豆菌的发酵，规范了生产工艺中纯种菌种发酵的问题。
1980年之后，纳豆作坊逐渐向工厂化转变，纳豆工业法发酵比较统一，工业生产具体流程如下：优质大豆→清洗→浸泡→蒸煮→冷却→接种（纳豆菌）→发酵→后熟→成熟纳豆，工业化生产使人们获取纳豆更便捷，食用起来也更安全。
纳豆营养较为全面，大豆接种纳豆菌发酵后，营养价值显著提高，除水分和维生素B1外，每百克纳豆的营养价值均比蒸煮过的大豆高。与含蛋白质丰富的鸡蛋和牛肉相比（以100克计），100克的纳豆蛋白含量也相当高，纳豆不仅保留了大豆的营养价值，更将大豆蛋白质的消化吸收率提高到 90%，对比如下表：
纳豆中还含有纳豆激酶、维生素K2等，研究发现二者分别具有预防心脑血管疾病、防治骨质疏松的保健功效。
纳豆激酶是在1987年由Sumi等从纳豆中发现的一种能溶解血栓的纤溶酶，其溶解血栓的速度是尿激酶的19倍。该酶是纳豆芽孢杆菌分泌表达的碱性丝氨酸蛋白酶，具有纤维蛋白溶解活性，实验证明纳豆激酶易被人体吸收，持续作用时间长，无不良副作用，且在肠道中稳定性强。
维生素K2是一种脂溶性维生素，作为γ－羧化酶的辅助因子可维持骨骼强度，预防骨质疏松。纳豆在发酵过程中产生维生素K2，且98%为甲萘醌-７（MK-7），是一种能预防骨质疏松的保健食品。
