▲圣殿骑士团
条顿骑士团相对于圣殿骑士团，由于拥有自己的独立领土，因此条顿骑士团在中世纪时期的影响力主要集中在其本身控制的地区。而且出于对领土和自身管理的需要，条顿骑士团在组织方面更加复杂。条顿骑士团的最高领导为总团长，也叫大团长。大团长既是条顿骑士团的军事首领，同时也是神圣罗马帝国的诸侯，并且在宝剑骑士团依附条顿骑士团之后，条顿骑士团大团长，同时也具有宝剑骑士团的统治权。
▲条顿骑士团第四任总团长赫尔曼·冯·萨尔扎，正是在他的决策下，条顿骑士团最终前往普鲁士。
而在总团长之下，是三个平行机构，首先是由总团长担任的条顿骑士团大师，以及骑士议会和辅助大师办公的内阁。而在这三个部门之下，便是条顿骑士团的各个办事机构。条顿骑士团的中央办事机构有负责整个条顿骑士团军事行动的大统领（Großkomtur）、负责军械管理的指挥官（Ordensmarschall）、负责宗教活动的检察官（Großspittler）、负责财务的财务总管（Ordenstressler）、负责骑士相关制服和装备发放的管理（Ordenstrappier）。
▲条顿骑士团城堡
而在这些条顿骑士团的中央机构之下，则是直属总团长，派驻在神圣罗马帝国境内，以及普鲁士、利沃尼亚的骑士团分团大师。不过分团大师和作为总团长的条顿骑士团大师，在德语中是两个词汇，前者基本都是“Magister”然后加上所属地区名称，因此也可以翻译成“土地大师”或者“领地大师”，而总团长则是用“Hochmeister”来称呼。有意思的是“Hochmeister”一词在德语中的词源，其实来自于多身教时代的巫师或神官，所以真正比较贴切的翻译，实际上应该是“大法师”。
▲楚德湖之战参战的正是来自利沃尼亚条顿骑士团分团的骑士以及宝剑骑士团
不过除了拥有正式大师官职名称的骑士，“大师” 这一称呼在条顿骑士团中，往往也经常被用做尊称，来称呼一些英勇就义的骑士。比如在《条顿骑士团惨败的楚德湖之战有多少内情》一文中曾经提及的，那位战死的“七十级骑士” （seuentich Ordens Herenn）。这里的“大师”称呼便是对这位不知名骑士的尊称，而“七十”这一数字，则是这个骑士在条顿骑士团记录中的编号，很可能是因为这位勇士的名字是在难以查阅，因此只能用数字进行指代。
