图八 石头城遗址外城北墙和马面
对遗址内佛教遗址的发掘，证明了佛教在此地曾经的兴盛，也对《大唐西域记》等历史文献的记载提供了佐证。据唐玄奘《大唐西域记》记载，当时这里的竭盘陀国“伽蓝十余所，僧徒五百余人，习学小乘教说一切有部”，“台阁高广，佛像威严”，佛教兴盛发达，更早的一位国王由于崇敬佛法，把自己的王宫搬到东北角，而在原来的宫殿中修建窣堵波，后来又改建为供奉高僧童受的寺庙。在北子城也就是宫城西南发掘的结果和玄奘的记载相吻合，出土的佛像残块表明此地原来应该是佛寺，这里地势最高、面积最大，是北子城中位置最好的地方，应该就是改建为童受伽蓝的老王宫所在地，而北子城北端应该是新王宫所在位置（图九）。
图九 北子城（清代城）全景
在外城北区山坡上土石高台之前推断为一处窣堵波式佛塔遗址（图一〇），在上部完全坍塌的情况下，底部可能保存有方形或者圆形的台基。发掘结果证实了台基的存在，还可以看出台基墙体修建工艺明显和别处不同，是用较大的石块垒成外表面较平整的墙体，大石块之间再用排列整齐的小石块仔细填充，形成一种较为特殊的花墙结构（图一一），这和犍陀罗文明中许多建筑，尤其是佛教建筑的墙体比较相似，应该是受到犍陀罗文明的影响。类似的石墙结构在藏传佛教寺庙、宫殿建筑中很常见，是这些藏式建筑最主要的墙体修建方式。
图一〇 发掘前的高台遗址
图一一 出土的台基上残存的花墙结构
清代城土墙采用分层垛泥的方法修建，也就是所谓的安江塔木，是一种在新疆应用较为广泛的筑墙方法，这样的土墙就叠压在早期的石墙外面，在清代土墙和早期石墙之间采用一层土一层石头的方式垫平。清代城的城门也比较特殊，北门结构复杂，大体保存完整，而所谓的南门就有比较多的争议，这里现为一处坍塌的豁口，可以看出断面比较规整，下部由土坯整齐地垒成，门柱的痕迹还很清晰，城内对应有专门的类似瓮城的构造，看起来确实是有一个城门，但是从斯坦因1906年绘制的石头城平面图上可以看出整个清代城只有一个北门，当时城墙基本完好且清代蒲犁厅还设置于此处，在斯坦因、大谷光瑞等人早年留下的照片中也可以看出，这里并没有城门。答案应该是这里一个暗门（图一二），也就是所谓的突门，是正式城门以外的秘密出口，以便守军战时出敌不意地从突门出击或偷袭敌人。关于突门最早见于《墨子·备突》，“城百步一突门”。杜佑《通典》也说：“突门，凿城内为闇门，多少临事，令五六寸勿穿。或于中夜，于敌初来，营列未定，精骑从突门跃出，击其无备，袭其不意。”
