4月17日上午，丧权辱国的《马关条约》在春帆楼正式签订，正约共11款，主要内容有：（1）中国认明朝鲜国确为完全无缺之独立自主。事实上，破坏朝鲜独立自主地位的正是日本政府。
当日本提出单独由中国确认朝鲜独立的要求后，李鸿章在议和条款修正案中曾提出“中日两国共同认明朝鲜为自主，并共同保其作为局外之国”，这一合理建议被日方断然拒绝，声称关于朝鲜独立一项，不许更改原提案字句。
日本强迫中国单独确认朝鲜的“独立自主”，其目的是为了完全切断中朝两国悠久的历史联系，让朝鲜受日本的任意奴役。（2）中国割让辽东半岛、台湾全岛及附属岛屿、澎湖列岛给日本。
辽东半岛是北洋的门户、京师的屏障，日本占有辽东不仅直接威胁津、沽、山海关，造成“京畿不能一日安枕”的局面，而且可以向北侵入广阔、肥沃的松辽平原，直接进逼整个东北地区。
台湾及附属岛屿和澎湖列岛与福建省隔海相望，具有重要的经济价值和战略地位。日本占据台湾不仅要掠夺台湾的丰富资源，对台湾同胞实行殖民统治，而且可以利用台湾作为侵略中国南部大陆以及向南洋扩张的基地。
割地造成的严重局势，正如张之洞所指出：“北无旅顺，南无台湾，中华海面，全为所扼，此后虽有水师，何从施展？梗辽、沈之路，扼津、登之喉，卧榻养寇，京师岂能安枕？北洋三省，沿海水陆，永远不能撤防，国用如何能支？”
这是日本继俄国侵吞中国大片领土之后，又一次对中国领土的疯狂掠夺，严重地破坏了中国领土的完整。
（3）赔偿日本军费银2万万两，分8次在7年内交清，第1次赔款交清后，余款按年加5%的利息。这笔数目惊人的巨额赔款和赔款利息，相当于清政府每年国库收入的3倍，不仅大大加重中国人民的负担，而且迫使清政府大举外债，从而遭受列强的进一步控制。
这笔赔款也相当于日本4年多的全国财政收入。日本前外务大臣井上馨得意地说：“在这笔赔款以前，日本财政部门根本料不到会有好几亿的日元。
全部收入只有八千万日元。所以，一想到现在有三亿五千万日元滚滚而来，无论政府或私人都顿觉无比的富裕。”从此，日本利用这笔巨额赔款，大力推进了资本主义现代化的进程，也造成了日本军国主义的恶性膨胀。
（4）日本臣民得在中国通商口岸城邑，任便从事各项工艺制造，又得将各项机器任便装运进口，只交所定进口税。从此，不仅为日本在华投资迅速膨胀开辟了道路，而且使外国资本的经济扩张在投资数量上得到迅速发展，在投资结构上发生很大变化。
甲午战争前，外国资本虽然也在中国设立了一些工厂、航运、银行等企业，但还没有条约根据，且主要是为其商品输出和掠夺原料加工服务。《马关条约》订立后，列强取得了在中国开设工厂、修筑铁路、开采矿山等特权，投资扩大至政治经济贷款、铁路、矿山、金融等国民经济所有部门，标志着列强由对华商品输出进入了资本输出的新阶段，也凸显了外国资本投资与争夺势力范围相联系的新特征。
条约规定外国工厂所用机器的进口和工厂产品的内销，都享受与进口洋货相同的待遇，这就严重影响中国的税收和民族经济的发展。
外国资本的扩张也曲折地推进了中国经济的早期现代化，在这种经济早期现代化过程中，既包括了中国人民所付出的惨痛而巨大的历史代价，也涌动着中国人民与列强进行“商战”的民族主义浪潮。
（5）开放沙市、重庆、苏州、杭州为通商口岸，日船可以沿内河驶入以上各口，搭客载货。从此，日本势力可以渗透到中国的长江流域，尤其是进入最富庶的江浙地区。
根据《马关条约》的规定，1896年7月21日，中日在北京签订《通商行船条约》29款，确认日本在华与欧美列强一样享有领事裁判权和最惠国待遇。
同年10月，又订立《公立文凭》（或称《通商口岸日本租界专条》），承认日本在四个新开口岸以及上海、天津、厦门、汉口等地设立租界。中国被迫正式开放宜昌至重庆的川江航道以及长江下游沿吴淞江、运河以至苏、杭的航运。
此后，外国轮船和军舰的航行领域从长江扩大至其他内河。此外，签订的《另约》规定，中国对暂驻威海卫的日军每年资助军费，即“贴交”银50万两；《停战展期另款》规定，条约批准互换的最后期限为1895年5月8日夜12时。
签订《马关条约》的第二天，李鸿章一行启程回国，抵达天津后派员送约本至总理衙门。
4月20日，李鸿章奏报签约经过，请求早日批准条约，并告假20天，以避言路的抨击。同一天，日本明治天皇睦仁批准了条约，并任命内阁*官伊东已代治为全权办理大臣，俟期前往烟台换约。
《马关条约》签字的消息传回国内，朝野舆论哗然，官民悲愤交集。半数以上的封疆大吏以及一大批翰林院、总理衙门、国子监、内阁、六部等各级京官和部分宗室贵胄，或上奏朝廷，或联名上书，反对批准条约；在京各省举人或参加京官领衔的上书，或单独上书，纷纷要求拒和，对清廷批准和约形成强大舆论压力。
军机大臣翁同龢、李鸿藻则力求说服光绪帝缓批条约。4月23日，光绪帝从驻俄使臣许景澄的来电中闻知俄、德、法三国已经决定出面干涉，即电谕许景澄告知俄国：“须由三国勒令展缓停战互换之期，方可从容办理。"
25日，光绪帝派庆亲王奕劻与军机大臣等将三天内收到的拒和奏封呈送慈禧太后，请示和战大策。慈禧太后表态模棱两可：“谓和战重大，两者皆有弊，不能断，今枢臣妥商一策以闻。”
光绪帝又电谕前敌主帅钦差大臣刘坤一和直隶总督王文韶，要求二人对敌情战势作出判断；同时电谕许景澄询问俄国确实态度。27日朝廷收到许景澄复电，得知俄国明确表示不会向日本提出展期换约的要求。
30日又收到王文韶、刘坤一复电，王文韶委婉表达了军事上全无把握，刘坤一虽然表示将力任战事，却回避了有无取胜把握的关键问题。5月2日是清廷决定是否批准和约的最后日子，恰在这一天，王文韶关于津沽发生大雨及海啸、沿海防务严重受损的电报呈送御前，许景澄亦电告俄国已明确表态让清朝先批准条约，以后再决定是否互换。
至此，光绪帝已经别无选择，只得下旨批准《马关条约》，并派伍廷芳、联芳前往烟台换约。5月7日，即换约的前一天，清廷采纳翁同龢提出的展期换约之议，通过美国驻华公使田贝将请求展期换约的电报转发日本。
同一天，清廷收到许景澄及驻英、法公使龚照瑗电报，得知因俄、德、法三国干涉，日本已同意放弃辽东半岛，但须另议偿费；德国明确要求清政府换约。光绪帝遂下旨如期换约。5月8日晚10时，伍廷芳、联芳与日本全权办理大臣伊东已代治，在烟台顺德饭店完成互换条约手续，《马关条约》正式生效。
