甲午战争爆发之初，光绪皇帝主战，慈禧太后尚有轻视日本之心，故也传懿旨主战。1894 年农历十月初十是慈禧的六十诞辰，她本想大办庆典，希望战事早日结束，但随着战争的节节失利，逐渐失去信心。平壤之战的失败使慈禧由主战转变为主和，希望俄、英等列强出面调停。日军突破鸭绿江防线后，慈禧求和之心已定，起用已罢黜十年的恭亲王奕诉，名为督办军务，实则主持和议。慈禧求和之举，遭到帝党的消极抵制。她便施展种种手段，迫使光绪就范，在仪鸾殿召见军机处大臣时，突然宣布瑾、珍二妃种种劣迹，降二妃为贵人。后传谕撤满汉书房，以隔断光绪与其身边主战近臣的接触，将其孤立起来，成为空头皇帝。此后，慈禧便毫无顾忌地操纵和议。
起初，美国出面以居间人的角色，传达日本方面的意思，可由中国先提出讲和。清政府决定派津海关税务司德国人德璀琳东渡，以相机转圜。德璀琳携总理衙门照会及李鸿章私函各一件，乘轮抵达日本。但日本政府拒绝接待。随后，日本政府又致电美国驻华公使，指责清政府“似尚未痛切感到有媾和的必要”。面对日本的强硬态度，清政府决定派户部左侍郎张荫桓、署湖南巡抚邵友濂为全权大臣，赴日议和，并聘前美国国务卿科士达为顾问。1895年2月初，张、邵与日本全权大臣伊藤博文、陆奥宗光会晤于广岛。日方以中国代表全权不足为由，拒绝开议，从而破坏了广岛和谈。
北洋舰队全军覆没后，日本认为，这正是迫使清政府派重臣来日和谈的最好时机。随着日本军队深入中国本土作战，已经出现了西方列强干涉的明显迹象，这是日本最为担心的。同时，日本派大军越海作战，也造成了国内的严重危机。日本政府为支撑这场侵略战争，不得不发行公债，还增收土地税，引起民怨。英国驻日公使报告说:“如果中国不迅速接受条件，则完全可以预言，日本将在本年底前陷入严重的财政困难。”到战争后期，德国前驻华公使巴兰德也认为:“日本国内的政治局势危机四伏，对于日本国家和当政的人们，不要说战败了，即使战事拖长下来，也是十分危险的。”日本国内外形势已不允许持续作战，必须抓住议和时机，否则战争长久拖下去，后果不堪设想。所以，日本在广岛拒使之后，又表示愿意讲和，但又挑明“须中国派从前能办大事有名之员，给予十足全权责任，方可再行开办”。对于日本所指何人，慈禧心里清楚，即任命李鸿章为头等全权大臣前往日本议和。
1895年3月19日，李鸿章一行抵达马关。随即开始与日方全权大臣伊藤博文、陆奥宗光进行谈判。日方故意提出占领天津、大沽、山海关三地，并在停战期间由中国支付军费的苛刻条件，以迫使中方打消停战的念头。中方以日方停战条件碍难照办，将停战之议搁起，要求日方出示和款。李鸿章在第三次会晤后乘轿返回寓所的途中，突遭暴徒开枪击中。日本政府极为紧张，生怕李借口中止谈判回国，引起列强插手干涉，遂即决定允诺停战三周，但将台湾和澎湖列岛排除在停战区之外。3月底，双方签订《中日停战协定》。此时，李鸿章还不知道，日本在一周前攻占了澎湖列岛。3月20日,日方将《和约底稿》致送李鸿章，其中开列割让盛京省南部及台湾省、赔偿军费库平银三亿两、在已开通商口岸之外另开顺天府等七处为通商口岸等条件。李鸿章阅后为之愕然。他草拟一份说帖，对日方条件进行辩驳。双方互不相让，僵持起来。
日方破译了李鸿章来往密电，注意到清政府已将决定权推给了李鸿章。4月中旬，日方提交改定条约节略，其中重要的改动有两项:(一)对割让盛京省南部地区的范围做了较大的压缩，改为从鸭绿江口起，溯江至安平河口，由此画线到凤凰城、海城及营口。(二)赔偿军费则从三亿两减为二亿两。此时，李鸿章接到北京密电:“如竟无可商改，即遵前旨，与之定约。”可见《马关条约》尚未签订，清廷的卖国求和之心已定。
4月17 日，中日双方全权代表会于马关春帆楼，签订《马关条约》。条约的主要内容是:(一)废绝中国与朝鲜的宗藩关系。(二)中国割让辽东半岛、台湾全岛及所有附属岛屿和澎湖列岛给日本。(三)中国赔偿军费库平银二亿两。(四)中国允在已通商口岸外，另增开沙市、重庆、苏州、杭州为通商口岸，日船得驶入各口搭客载货。(五)日本臣民任便从事各项工艺制造，所有在中国制造之货，与进口货物一样享受优待，免征一切杂捐。(六)在交清赔款以前，中国听允日军驻守威海卫，并负担每年驻军费库平银50万两。这是《南京条约》以来丧权辱国最为严重的条约，助长了列强侵略中国的野心，引发了列强瓜分中国的狂潮。
《马关条约》签订后，举国为之哗然。京内外官员纷纷上奏反对和约，前敌将领也皆力主拒和备战，认为日本“外强中干……国帑之贫乏，军士之疲劳，其势万难持久"。节制关内外诸军、钦差大臣刘坤一也提出:“'持久’二字,实为现在制倭要着。” 还有的官员提出:定迁都之策，以使统兵将领无后顾之忧，放胆拼战。当时，正值全国各省举人会试北京，纷纷上书反对和约。帝党还寄希望于俄、德、法三国帮助商改条约，但被拒绝。光绪在内外压力下于5月初批准了《马关条约》。
《马关条约》给中国带来了严重的民族灾难。条约规定中国赔款库平银二亿两，还有威海卫的驻军费每年库平银50万两，3年为150万两。在俄、德、法三国干涉下，又以 3000 万两赎回辽东半岛。赔款合计 23150万两。但日本贪心不足，又以库平银必须“足色”为借口让中国多付 1325 万两，更要求中国必须以英镑在伦敦付款，并由日本规定汇率标准，使中国因“镑亏”多付 1494 万两。诸项合计，约为库平银26亿两。另外，日本还从中国掠夺了大量战利品，包括舰船、军港设备、枪炮、金银、粮食等，约略计之，可折合 8000万两。以上共计约库平银3.4亿两。 这是一笔巨大的财富，约当日本年度财政收人的6.4倍。通过《马关条约》，还废除了中国与朝鲜之间存在已久的藩属关系，为日本此后兼并朝鲜扫除了障碍。日本尝到了发动侵略战争的甜头，更加刺激了它对外扩张的野心。从此，日本政府更加大力扩军备战，成为东亚地区的主要战争策源地。
