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富含有机质
蚯蚓粪所生成的有机质易溶于土壤，容易被各类作物吸收，促进土壤团粒结构形成，提高土壤通透性。蚯蚓粪含量越多，土壤物理性质越好，土壤越肥沃，保水、保肥力，利于作物根系生长，利于土壤微生物繁殖，增强土壤吸收养分和储存养分能力，从源头上解决化肥施用次数多、量大、易流失，利用率低等问题。
据国内相关研究机构研究，估计每亩土壤有 100 万条蚯蚓，相当于每年常有 3 个熟练工人每日轮流工作 8h，以及有 10t 肥料施入土内。 因此农民把蚯蚓现象地称之为“微型的改土车间”。
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促进土壤微生物繁育
由于长期使用化肥和大量农药，土壤中有机质含量和有益微生物含量大量下降。蚯蚓粪中微生物含量每克含微生物有益菌群在（1 亿∕g）以上， 还含有至少两种拮抗微生物， 更可贵的是含有拮抗微生物和未知的植物生长素，这些有效成分是任何化学肥料，有机肥成微生物肥所无法达到的。
这些有益微生物进入土壤中，能够迅速抑制有害菌繁殖，减少土壤病害发生，同时增加植株根部的固氮、解钾、解磷能力。 大量微生物的代谢能改善土壤量化形状，使土壤养分更于被吸收，提高土壤在有机质和无机物之间能量转换的动力，保护土壤生态。 所以深耕配合施用有机肥，土壤固氮菌比对照增加近一倍，纤维分解菌增加近 2 倍，其它微生物群落也有明显增加，另外，有机肥在腐解过程中还能产生各种酚、维生素、酶、生长素等物质， 能促进作物根系生长和对养分的吸收， 从而提高农作物抗病防病能力，保护土地生态环境。
