褐藻
通常在开缸一周左右，褐藻就会如期而至，一般是最早出现也是最容易清除的一类藻。
产生原因 ：①硝化系统初步形成，没有建立完善，亚硝酸盐/硝酸盐浓度过高。 ②换水不够规律或不换水或少换水。
出现位置：缸壁以及沉木、石头、生长慢的水草叶等的表面。
防治方法 ：①开缸初期控制光照：第一个月5-6小时，第二个月6-7小时，第三个月7-8小时。 ②用刮藻刀清理缸壁的褐藻，叶片上的可用手指将其搓掉，配合高频率换水，开缸初期每周至少换1/2的水。少量饲养活体。 ③定期添加硝化细菌帮助硝化系统的建立，一般在一个月左右基本建立。在此期间，尽量不要清洗过滤系统的滤材，即使清洗，用原缸水只清洗三分之一或二分之一。④生物除藻：加入黑壳虾（每升水可以放1-2只黑壳，最好分成2-3批投放）、小精灵、黄金胡子、观赏螺（苹果螺、斑马螺、蜜蜂角螺等）
丝藻
一般在褐藻之后，即建缸二个月后左右，有时也在其它藻生长之后，如黑毛藻。如果缸中出现了丝藻，说明水质已经稳定，鱼虾不会再无故的死亡了。
产生原因：
①照明过强、照明时间过长和水草过少
②肥料加入过量 ③鱼过多和喂食过量
出现位置： 针叶状水草如MOSS的叶面、底砂上面、生长慢的水草根部和沉木上。
防治方法： ①适当降低照明强度和时间 ②适量减少肥料加入量 ③长得过长的丝藻用废弃的牙刷卷起扔掉 ④使用大和藻虾清理丝藻，建议1只/4L水 ⑤控制鱼的数量，并投喂适量的饲料
蓝藻
也称为蓝绿藻，在固着物上蔓延生长，呈薄层状或从状，外观如雾状，富含沾滑的胶质保护，带有特殊味道的蓝绿色藻类。这种藻类具有固氮能力，是水质恶化的标志。
产生原因：
①底床受到污染而腐败
②底沙铺设不适当，或沙子太细或铺得太厚
③因喂食丝蚯蚓造成水质恶化⑤太久没有换水，没有定期清洗底沙或过滤器⑥水草肥料用量过大⑦对于沉木或石材等装饰物，在未加清洗前便使用⑧水流不够强，蓝藻在水流强劲的地方几乎不能生长⑨蓝藻一旦发生，即表示水体硝酸盐或氮素过多，当蓝藻大量繁殖后，水休的含氮量会急剧下降
出现位置：底砂、底砂与缸壁的接触面。
防治方法： ①使用洗沙器将其吸出，并适当增加一下换水的次数。最好不要用工具鱼虾，容易引起鱼虾的不适，会出现死鱼死虾的现象。②适当加强水流
绿斑藻
