对于一些重茬严重或者是多年的老棚，在西红柿定植以后要密切注意根茎部病害。西红柿常发生的根茎部病害有茎基腐病、疫霉根腐病、枯萎病。茎基腐病先为害西红柿茎基部，而后向地下主侧根扩展，病斑初成暗褐色，后绕茎基扩展，致皮层腐烂。疫霉根腐病外部病斑与茎基腐类似，区别在于疫霉根腐病的病茎维管束或木质部变为深褐色。枯萎病发生时茎部一侧自下而上出现凹陷坏死斑，并随着同一边叶片变黄，维管束变褐，湿度大在病斑处产生粉红色霉层。
1、土壤消毒
土壤消毒是减少初侵染源、减轻土传性病害发生的最有效的方法。育苗或定植前对土壤进行消毒灭菌，方法是每667m2用氯化苦13.5-20L，穴施或沟施，施后封土盖膜，揭膜后要散气，待没有药害后再育苗或定植，但要注意施药人员安全。太阳能消毒，方法是在7月份的高温期，深翻，灌水，盖地膜，维持5-7天，利用膜下高温*死病菌。
2、加强栽培管理
施足优质基肥，促进西红柿健壮生育；采用高畦栽植，改善通风透光条件；合理密植，降低植株田间湿度；进行地膜覆盖；防止高温多湿，创造良好生长环境；切忌偏施氮肥，发生徒长，增施含腐殖酸、磷钾钙套餐肥嘉美红利、赢利来、核动力、海力宝，提高植株抗病能力；搞好园地卫生，消灭病菌侵染来源。
3、药剂防治
蘸土坨、蘸根：定植前用恶霉灵或精甲霜灵或咯菌腈 800倍液嘉美红利蘸土坨或蘸根；
淋根、灌根：定植缓苗后，使用恶霉灵 800倍嘉美红利淋根或灌根，每棵0.5斤左右，可以预防茎基腐病、疫霉根腐病、枯萎病等病害；
发病初期可用：阿砣（啶氧菌酯） 可*得叁千（氢氧化铜） 满适金（咯菌腈、精甲霜灵） 嘉美红利喷雾加灌根，连续2-3遍。
细菌性病害
秋延茬西红柿进入开花坐果期后，正是阴雨连绵的时期，管理上要重点防治细菌性病害，如细菌性髓部坏死、细菌性溃疡病、青枯病等。细菌性髓坏死初发时表现不明显，中后期茎秆上面出现不定根，纵剖病茎后髓部变褐色坏死。细菌性溃疡病在幼果时发生严重，通常导致果皮表面出现针眼状黑点。青枯病最大特点是断茎后有白色菌脓溢出。
细菌性病害发病初期可选用氟派酸600倍液、72%农用硫酸链霉素可溶性粉剂2000倍液、77%可*得可湿性微粒粉剂2000倍液、（上述药液每次任选一种）灌根。每株灌药液0.3-0.5公斤，隔7-10天灌一次，交替使用不同药剂，共灌3-4次。
叶霉病
据不少菜农反映，抗TY病毒品种对叶霉病的抗性较差，需要加强预防。要注意的是喷药要喷全面透彻，叶片正反面都要照顾到。
1、合理轮作：和非茄科作物进行三年以上轮作，以降低土壤中菌源基数。
2、种子消毒：无病种子可减轻田间由种子带菌引起的初侵染。引进种子需要进行种子处理，采用温水浸种。利用种子与病菌耐热力的差异，选择既能*死种子内外病菌，又不损伤种子生命力的温度进行消毒。对于温室栽培的西红柿种子宜选择用55℃温水浸种30分钟，以清除种子内外的病菌，取出后在冷水中冷却，晒干催芽播种。
3、高温闷棚：选择晴天中午时间，采取两小时左右的30-33℃高温处理，然后及时通风降温，对病原菌有较好的控制作用。
