第五段：1498年，佛罗伦萨虚荣之火，萨沃纳罗拉煽动的狂热信徒*进了克里斯蒂娜与丈夫的家中。晚来一步的艾吉奥*死了所有狂热信徒，但还是没能救下克里斯蒂娜。
克里斯蒂娜向艾吉奥展示了她22年来从未离身的那个吊坠（艾吉奥第一次离开时留给她的信物），并告诉艾吉奥她多么希望两人能够重来，能再有一次在一起的机会，最终在艾吉奥的怀中死去。
兄弟会 哥白尼阴谋DLC
尼古拉·哥白尼（Nicolaus Copernicus，1473 - 1543）是文艺复兴时期波兰数学家、天文学家、神父。他提倡日心说模型，认为太阳是宇宙的中心。1543年，哥白尼在临终前发表了《天体运行论》。一般认为他的著作的是现代天文学的起点，对推动科学革命作出了重要贡献。
游戏中的哥白尼加入了圣殿骑士，但是圣殿骑士害怕他的理论会危及教会的权威，要求他对自己的天文学发现保密。而哥白尼觉得“我们活着就是为了质疑”，竟在罗马城中公开演讲他的学说，这招来了圣殿骑士的追*。
追*哥白尼的圣殿骑士认为“人们天性慵懒，他们会相信别人要他们相信的东西。”而哥白尼认为“与其在无知中苟活，不如在明悟中赴死。”（这很像论语里的“朝闻道，夕死可矣。”）
艾吉奥救下了哥白尼，并协助送信给其他学者要他们逃离，以躲过波吉亚家族的追*。最后艾吉奥陪着哥白尼研究月食，听他说了一大堆自己听不懂的话。
