不良反应是药物所具有的两重性之一，每种药物都有其独特的毒性反应，完全没有毒性的药物是不存在的。
麝香的毒性方面，实验证明，静脉注射麝香水提物对小鼠的半数致死量为848±104mg/kg。药典规定的口服丸散剂型中麝香用量为：30～100mg/天，且口服给药形式相比静脉给药更为安全。
治疗效果方面，含麝香的中成药包括国宝级急救良药，“中药三宝”安宫牛黄丸、局方至宝丹、紫雪丹都含麝香，另外还有苏合香丸、七厘散、大活络丹、云南白药、片仔癀、六神丸、麝香保心丸、麝香止痛膏等，无一不是畅销海内外的金牌中成药。《全国中成药处方集》收载的2621个处方中，含麝香的处方有295个，占《全国中成药处方集》11%以上。麝香在治疗出血、昏迷、癌症、心脑血管疾病等方面，显示出不可替代的治疗作用。上世纪70年代开始，我国开展了人工麝香的研制工作。经过20多年的攻关，研制成功。大量药理研究和临床研究结果表明：人工麝香与天然麝香主要药理作用强度基本一致，临床疗效确切。自1994年以来，人工麝香已在全国760家企业应用。目前含麝香成分的433种中成药中，有431种完全用人工麝香替代了天然麝香，替代率达99%以上。“人工麝香研制及其产业化”课题因此获得2015年度国家科技进步奖一等奖。麝香毒性的潜在威胁更多来自于化妆品。
目前在各类化妆品、香水中使用的基本都是工业人造麝香，消费品中麝香最常见的类型是硝基麝香（如酮麝香、二甲苯麝香）和多环麝香。
我国市场上大量使用的是二甲苯麝香和酮麝香。此类化合物通过皮肤吸收、吸入和摄入暴露于这些化合物的鱼等食物进入人体。合成麝香在人类母乳、体脂、血液和外界水源中蓄积，已经能够被检测到。
研究者认为，长期暴露在这些高度稳定的化合物中可以扰乱细胞功能和激素系统，具有潜在的生殖毒性和生物蓄积性。
硝基麝香等部分麝香化合物因具有致癌作用，已经被日本、欧盟及美国禁止添加。因为香水成分通常不公开，麝香很少在标签上列出。另一方面，安全性评估中没有发现麝香有影响妊娠的作用，也没有麝香造成流产的报告。
目前仍然建议所有孕产妇、哺乳期妇女等特殊人群避免使用含有合成麝香的个人护理和清洁产品。
