虽然梁山水泊的水域减少，但并没有消失，只是水量减少。但到了元朝时，黄河多次泛滥成灾，决口达22次之多。梁山水泊再次水域丰盛，元朝有名的诗人陆仁曾有记载“尝舟过梁山泊，春水方生何涉漠”。元朝水泊依然很大。但此时元朝开始治理黄河，使黄河真正实现了北迁，梁山水源不再来自黄河，但有汝水注入，水量太少，水泊开始出现萎缩。
明朝朱棣对黄河水也进行整治，据明史记载：“筑戴村坝，遏纹南流”,因此，注入梁山泊的水源基本没有了，此后明朝又对梁山水泊进行大规模的治理，“河水北出济漕，而(东)阿、耶(城)、曹(州)、耶(城)间田出沮溯者，百数十万顷。”从此梁山水泊无水后的地域，成为良田。
明末清初时，顾炎武曾到梁山考察，他曾在《日知录》中写道：“予行山东巨野、寿张诸邑，古时涨水之地，无尺寸不耕，而忘其昔日为川浸矣。”据此，剩下的水域也只有东平湖。
欢迎各位看官批评指正，图片来源网络，版权归原作者。
,
