宋代的高承在所撰《事物纪原》里讲到“馒头”的由来时，说，在三国时，诸葛亮南征，见到当地少数民族*人祭神的习俗，觉得陋俗不可取，便教导当地人用面包肉做成人头形状，然后代替*人。这种说法，属于典型的稗官野史。
上个世纪七十年代初，在甘肃省的嘉峪关曾经出土了一组汉代画像砖庖厨图，其中就有仕女揉面和手持托盘进奉馒头或者包子的图像，由此可知，在中国汉代已经开始做发酵的面点了，而馒头在那个时候，应该是比较普遍的食物。而明朝时的藏书家郞瑛在所著《七修类稿》中，进一步引伸出“曼头”即所谓的“蛮头”，则更是无稽之谈。因为“曼头”的“曼”字，原意只是“伸展”之意，意为面粉发酵后的状态，只是后来，因为馒头是食物，故而加“食”字旁。
“馒头”在宋元之前应该都是有馅的，和现在的包子，大体上没什么区别。而实心馒头的出现，已经是明朝的中后期的事了。在隋唐时期，“馒头”被称之作“饼”。当时中原地区，日常的饮食结构，基本上是南米北面，在此基础上，辅之以粟、豆、稷、黍等。但由于南方稻麦轮作制的流行，南方主食中的面食也占有很大比重。主食种类分为饼、饭、粥、糕数种。从史籍中出现的频率来看，“饼”最多，饭、粥次之，糕较少。隋唐时期的“饼食”种类繁多，见之于史籍上的就有“胡饼”、“蒸饼”、“煎饼”、“环饼”、“汤饼”等等。其中“蒸饼”，便是后来的馒头。
“蒸饼”当时又被称作“笼饼”。宋朝人张师正在《倦游杂录》中写道：“唐人呼馒头为笼饼。”“蒸饼”在隋朝之前已经被普遍食用，到唐朝时更加流行，一般城市的街头市场到处都有买卖。唐朝人张鷟在《朝野佥载》中记载，长安人邹骆驼“常以小车推蒸饼卖之”；段成式的《酉阳杂俎》中也记载：“武则天时，张衡国“路旁见蒸饼新熟，遂市其一，马上食之，被御史弹奏。”看到路旁卖馒头，买来在马上吃掉，便被弹劾，也可以从一个侧面看出，唐朝时御史监督官员的严格。
日本奈良时代，真人元开所撰《唐大和尚东征传》中有，鉴真和尚东渡日本，除了携带了大量经书等等，还随船带了“干蒸饼一车”。宋朝李昉等人所著的《太平广记》中记载，武则天时期，朝廷官员，侍御史候因止，“常命作笼饼，谓膳者曰：‘与我作笼饼，可缩葱作。’当时市场卖的“笼饼”，葱多而肉少，他嫌肉少，要求厨子要减少葱，多加肉，还被当时的人称作“缩葱侍御史”。
宋元时期，“馒头”的馅儿花样很多，《梦梁录》记载“馒头”荤馅儿有鹅、鸭、鱼、虾、羊肉等等，素馅也有笋丝、菠菜，甚至还有豆沙、果料制作的甜馅儿、酸馅儿等。宋朝人曾敏行在《独醒杂志》中记载蔡京当宰相时，以“蟹黄馒头”宴客。这应该算是比较高级的“馒头”了。
“馒头”的形状，在宋元时期，不仅有圆形的，也有其他形状。南宋耐得翁在《都城纪胜》与《西湖老人繁胜录》中记载有“剪花馒头”，《梦梁录》中的将“剪花馒头”写作“煎花馒头”，其实是一个意思。元朝的忽思慧所撰的《饮膳正要》中对“剪花馒头”，给予详细的说明。所谓：“依法入料物，盐酱拌馅包馒头，用剪子诸般花样蒸，用胭脂染花。”有的剪成“荷花馒头”，有的剪成“葵花馒头”等等多种花样。其实这种“剪花馒头”，现在北方一些地方，譬如雁北地区还有余俗流传。当地孩童长到十二岁时，都要大肆举办生日庆典，此时，一般至亲都要蒸馒头，连成圈状，然后从孩童头上套下，长辈口中同时念有祝福祈祷长寿词，其馒头的形状，多捏成各种小动物形状，或用剪刀剪成各种花样。
“馒头”制作，大多以发酵为主，但也有所发展。《饮膳正要》记载有“仓馒头”，其实应该是现在的“戗面馒头”的意思。“戗面馒头”有时也被写作“呛面馒头”。此馒头，按传统上都是用“面肥”来制作，用“面肥”做为引子进行和面，然后进行发酵，还需要兑入合适的碱水，再经过加入一定比例的干面粉进行反复的揉面，使馒头坚韧。做出来的馒头，外表洁白漂亮，内里筋道耐嚼。元朝时，还出现了一种“皮薄馒头”。这种馒头的做法是不发酵，用半开的热水和面，也就是今天的汤面，接着包生馅儿上笼蒸，这大概是南方“小笼馒头”的由来。烫面属于馒头的特殊变体，发面仍然是馒头制作的基本形态。除了“烫面馒头”，在《梦梁录》中还有一种“炙焦馒头”，大概是将蒸过的馒头再进行炙烤变焦，一如现在的“烤馒头”。到了元朝，也出现一种称作“圆焦油”的食品。具体做法是，面粉用碱发酵，“馅用熟者，丸如弹子，将面馅上手，包裹了虎口”，然后用滚油炸熟。这种发面的油煎小馒头，大概与现在南方的“生煎小馒头”相似。
“馒头”从出现到如今，已经有两千多年的历史，它的发展也是一个逐渐演变的历史。
在《康熙字典》中，当时对于“馒头”的解释为：“今俗屑面发酵，或有馅或无馅，蒸食者谓之馒头。”虽然其中没有提到是不是具有“头形”，但是“或有馅或无馅”则全面反映了当时的实际情况。到了明朝中后期，虽然实心的馒头开始出现，但是有馅儿的馒头此后仍然是民间常用的食物。
清朝时，荣陛在《帝京岁时纪胜》中记载，当时北京新春元旦要吃“猪肉馒首”的习俗，可见，馒头与包子的区别，当时也并没有多少区别。而清代北京市场出售“肉丁馒头”这样的例子，很多史籍中都有记载。而包子的出现应该也很早了，在宋代的史料文献中都有大量记载。在当时，用面皮包馅儿的食品，似乎都称呼为包子。包子必须有馅儿，这是它的基本特征，不包馅儿的，不能称之为包子。如果它与馒头做法相同，也经过“发酵”、“笼蒸”、“圆形”，那么二者的区别，应该只在褶上。馒头顶上光园，包子顶上有收口，除此之外，几乎没什么分别。
可见在古代，馒头和包子这两种食品的叫法，并不是特别严格，往往随俗随宜，只是到了近现代，逐渐变得统一起来，形成一种约定俗成的称呼。
