dna 复制的基本特点,dna复制的方式的特点

首页 > 经验 > 作者:YD1662024-03-20 01:23:16

DNA复制具有高度忠实性(fidelity),其错配几率约为10-10。从热力学上考虑,碱基发生错配的几率约为10-2,酶对底物的选择作用和校正作用各使错配几率下降两个数量级,所以体外合成DNA的错配几率为10-6。体内复制叉的复杂结构提高了复制的准确性,修复系统又对错配加以纠正,进一步提高了复制的忠实性。

dna 复制的基本特点,dna复制的方式的特点(1)

复制叉结构与复制的忠实性。Semin Cancer Biol. 2010 Oct; 20(5): 281–293.

DNA复制中产生的错误首先由DNA聚合酶的校对活性进行纠正。不匹配的DNA链从聚合酶活性位点POL转移至3'→5'核酸外切酶活性位点(EXO),错配的碱基通过校对被切除。有3个真核DNA聚合酶具有校对活性:聚合酶δ、ε和γ。Polδ和ε用于核基因复制,而Polγ位于线粒体。

逃脱校对的错误主要通过错配修复(mismatch repair,MMR)系统进行纠正。这个过程发生在核小体重新装配之前,以尽量避免将错配包装到核小体中。在错配的核苷酸得到修复之前,某些MMR相关蛋白(如MSH6)可以抑制CAF-1介导的核小体装配。

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MMR与核小体装配过程。Cell Biosci. 2020; 10: 10.

人细胞中典型的MMR反应包括三个主要步骤。首先,错配识别蛋白MutSα(MSH2-MSH6异二聚体)或MutSβ(MSH2-MSH3异二聚体)识别错配。前者主要识别单碱基错配和一两个碱基的插入或缺失(IDL),后者主要用于识别较大的IDL。

MutS与错配部位结合后发生构象变化,形成可沿DNA运动的移动钳(mobile clamp)。移动钳募集MutLα蛋白,后者被复制体上的PCNA(滑动钳)激活,在错配位点两侧切割出切口,再由外切核酸酶EXO1将这一段大约数百碱基的核苷酸切除(也可由POLδ/ε从切口处引发链置换合成)。最后,由DNA聚合酶δ(滞后链)或ε(前导链)重新合成子链,DNA连接酶封闭缺口。

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人体的错配修复(MMR)机制。DNA Repair (Amst). 2014 Aug; 20: 71–81.

值得一提的是,由于接近复制体,核小体也尚未装配,所以此时可以轻易识别新生的子链(比如利用PCNA充当链识别信号),从而以亲代链为模板进行修复。当核小体装配完成之后,就很难分辨一对错配碱基中到底哪个正确了。

复制的忠实性对于生存与繁衍非常重要。忠实地复制不仅是物种稳定遗传的基础,也是个体生存的保障。对于寿命较长的多细胞生物,在个体生存期间会经历多次细胞分裂。如果复制的忠实性不足,就很容易积累突变,导致衰老和多种疾病。

根据最近的研究,人类干细胞中的突变大约以每年40个的速率稳定积累(Nature. 2016 Oct 13; 538(7624): 260–264.)。这些突变中的一部分可能是在跨损伤合成(TLS)时产生的。TLS能够使细胞有效完成有损伤模板的复制,从而避免死亡,但其忠实性较低,所以也给机体埋下了隐患。这方面的研究是目前的热点之一。

有一种理论认为,体细胞突变的积累是衰老的原因。突变会干扰基因的正确表达,影响细胞功能。在早期,由于生物体具有一些冗余结构,所以突变不会立即导致衰老。但当一个细胞的遗传冗余(以二倍体形式)耗尽,其功能即无法正常发挥;当机体的细胞冗余耗尽,就会迅速衰老。

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一种体细胞突变导致衰老的模型 Exp Gerontol 2017。Exp Gerontol. 2017 Aug;94:34-40.

突变的积累也与癌症(cancer)的发生和发展密切相关。研究表明,cancer具有显著的遗传不稳定性,而且表现在三个不同的层次上:染色体不稳定(CIN)涉及多种染色体畸变(易位、缺失、基因重复、三体或缺体等),微卫星不稳定(MSI或MIN)涉及短串联重复序列(微卫星序列)的扩增或减少,点突变不稳定(PIN)涉及核苷酸序列的改变(碱基取代、缺失、插入等)。

这些遗传不稳定的产生和修复机制,比如各种DNA聚合酶的特性与突变、TLS与cancer发展等,都是目前cancer研究的热点领域。

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跨损伤合成相关蛋白的染色体定位及相关疾病。Genet Mol Biol. 2014 Mar; 37(1 Suppl): 220–233.

另一方面,突变也是遗传多样性和生物进化的来源,所以复制的忠实性也不是越高越好。有些生物就是以高突变率和庞大种群作为生存和进化的基本策略,使其能够迅速适应新的环境。RNA病毒是此类的典型代表。

与DNA复制相比,RNA复制的保真度要低得多。催化RNA复制的酶(RdRp)很容易出错,几率大约为万分之一,与其基因组大致相当。所以RNA病毒每轮基因组复制大约会产生一个突变。

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七种代表性RdRp的结构。Front Microbiol. 2019; 10: 1945.

由于RNA病毒种群庞大,所以在宿主感染期间会产生大量紧密相关的病毒变体。这些突变多数是不利的,但偶尔出现的有利突变会迅速被筛选出来,并快速扩散。这使病毒能够快速适应新的生存环境(如更换宿主、逃避宿主免疫系统、产生抗药性等)。正是由于这种机制,流感病毒等每年都会产生新的突变株,大约每十年会由于出现一种重大突变而引起一次大流行。

除类病毒外,RNA病毒是突变率最高的已知物种。有研究认为RNA病毒已经处于复制忠实性阈值的边缘,突变负担的任何增加都将导致病毒种群的灭绝。当用诱变剂如核苷类似物等处理后,这些病毒数量就会急剧下降(Viruses. 2018 Nov 1;10(11). pii: E600.)。

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