通过在田间土壤中增施菌肥，可以在田间土壤中快速形成大量的有益微生物菌群优势，这些有益微生物菌不仅可以直接与有害微生物菌竞争养分能量，而且还可以快速繁殖来压缩有害微生物菌的生存空间，除此之外，部分有益微生物菌还可以通过寄生在有害微生物菌上，以此来使病害菌的菌丝断裂解体或细胞质发生消解，从而对病害菌起到破坏有病害菌生存场所、压缩病害菌繁殖、抑制病害菌生长以及*菌防病的效果。
在把菌肥施入到土壤中后，菌肥中的有益微生物在快速繁殖、生长形成有益菌群优势后，对土壤可以起到改良、修复、保护的效果，同时也可以对土壤起到提高疏松通透性、提高保水保肥保温保墒能力的作用；在对作物的作用上，有益微生物在土壤中繁殖、生长、活动的过程中，会在作物的根际周边土壤中大量分泌出对作物生长、发育、吸收具有刺激性、促进性的各类代谢物，再加上有益微生物菌群有效的促进作物根系发达、苗株健壮，这样即使在作物偶尔遇到不良环境时，也能够在抵御寒、旱、涝、病虫害等方面发挥出较好的生理抗性。
上面已经说过，菌肥中的有益微生物菌在土壤中具有固氮的作用，同时还可以使土壤中被沉淀失效的钾、磷、钙、锌等营养元素重新被激活释放，这样既可以起到增加作物养分供给、改善作物营养状况、预防作物缺素症、保证作物健康茁壮生长的作用；同时，一些菌肥中的微生物菌类在作物根际土壤中可以分泌出很多对作物生长具有刺激和调控作用的植物激素类物质，这样一来就能使作物的更旺盛健壮的生长、更快更好的生长发育，并最终在作物上起到促进早熟、促进增产、促进优收的效果。
菌肥中的有益微生物在繁殖与代谢的过程中，一方面可以对残留在土壤中过剩化肥元素、有机农药、重金属等起到降解、分解、转化、固定、转移的作用，另一方面它分泌出的部分抗生素可以有效抑制土壤中各类病害菌微生物的繁殖与生长，这样一来，菌肥中的有益微生物就能对土壤起到清洁、解毒、保健的作用。
菌肥虽好，但菌肥不能盲目性的乱用，如果菌肥使用条件环境不佳、使用方法不对，就会导致菌肥中的有益微生物菌大量的死亡而失去应有的好效果，那么菌肥在使用时应当注意哪些事项呢？怎么施菌肥效果最好呢？什么样的环境条件最适合使用菌肥，什么样的环境条件又一定不能使用菌肥呢？菌肥能不能和化肥一起施用呢？菌肥可以不可以和*菌、*虫剂等一起使用呢？
针对咱们农民朋友在菌肥使用上常犯的错误、常遇到的施肥误区等，在下一篇文章里农技小背篓会针对以上问题再给大家做一个更为详细的菌肥使用说明。
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