《生化危机1》剧情紧接前代，Bravo小队一去不回，总部派出Alpha小队前去寻找，吉尔，克里斯，巴瑞和威斯克四名成员刚刚抵达就被丧尸狗追*，逃入洋馆内，察觉到了丧尸诞生的秘密。然而，小队成员之一的威斯克却是保护伞的间谍，此番行动是为了收集生化武器的作战数据，甚至以家人威胁巴瑞陷害其余两名成员。最终，本作主角吉尔与克里斯就这样承担起了活着把真相带回警局的责任。
这两部作品组成了起源合集，讲述了T病毒最初是在何时何地发生了传播，是所有后续故事的根源。这一时期，两款游戏仍采用固定视角三维空间的行动方式，尽管一切变化尽收眼底，但狭窄阴暗的环境仍将恐怖氛围渲染得十分到位。早期高清化之后的画面虽然不及当代大作，但更加精细的人物建模与场景贴图现在看来也并非不可接受。
一代剧情结束后，吉尔和克里斯成功回到警局，然而局长早已被保护伞公司收买，无奈之下克里斯孤身前往欧洲调查。此时，现任研究所长威廉为了防止落得和他的老师马库斯一个下场，希望得到美国军方的保护，但保护伞公司抢先一步，派出U.S.S进行控制，威廉为了留住G病毒，将其注射在自己体内，变成了怪物，也把T病毒储藏容器打破，流进城市下水道扩散开来。
《生化危机3》的前半部分，吉尔正在家中休假，却被破墙而来的“复仇女神”追*，这是保护伞公司为守住病毒研究情报所派出的人型兵器。在已经充满丧尸的浣熊市中，吉尔遇到了U.B.C.S.小队，希望启动地铁逃离这里。然而，高度智慧化的“复仇女神”一次次粉碎逃跑计划，吉尔就在这过程中不慎受伤晕了过去。
浣熊市内，前来入职的新警员里昂和寻找哥哥的克莱尔就在丧尸危机爆发的情况开始了他们的《生化危机2》之旅。里昂遇见了特工艾达王，遭受暴君追*，为寻找G病毒一步一步前往研究所深处。克莱儿认识了威廉的女儿雪莉，却发现她已经被植入G病毒胚胎，为了救治雪莉，也在向研究所深处摸索。
