比较有意思的是，本作的技能树允许玩家随时重置所有已点亮的技能（除了部分跟随剧情解锁的技能外），考虑到直到通关时我也还有很多技能没能解锁，所以从理论上来说，游戏其实是在鼓励玩家根据每个角色在队伍中的不同分工，带有针对性地去调整他们的技能树，从而最大程度地发挥出每个角色的特性。
而《女神异闻录5：战略版》在人格面具的使用上和本篇最大的不同在于，这次所有登场的角色，除了他们初始的人格面具外，还可以额外装备一个副人格面具。
副人格面具的存在，除了能给角色带来HP、SP、攻击力这些明显的数值变化外，最主要的作用，就是给每位角色增加了两个额外的技能。听上去这似乎没什么特别的，但得益于本篇中夸张的人格面具数量，以及部分高级人格面具独有的技能效果，在实际游玩时，我不知不觉就在合成面具这件事上花费了大量时间。我会去尝试不同面具的组合，从而获得最适合我当前等级的强力面具，也会思考如何把自己想要的面具技能，继承到合适的副人格面具上，这个过程中产生的策略思考，丝毫不比我在关卡中研究如何走好下一步来得逊色。
此外，与《女神异闻录5》战斗中贯穿始终的属性克制机制不同，《女神异闻录5：战略版》中人格面具的属性主要用来负责控场。这也让面具技能在战棋游戏走格子玩法中的存在感，变得更强了。
你可以通过疾风属性的技能将敌人吹飞，方便后续将敌人聚集起来后用总攻击一网打尽；你也可以在敌人即将逼近角色前，通过电击属性的技能麻痹对方阻止它继续向前移动。如果玩家能在关卡中灵活运用这些技能的属性效果，那么每回合的行动就能做到事半功倍，加上流程中后期你还可以通过面具合成带有属性效果武器，控场能力也会得到进一步的提升。
虽然上面说了那么多关于《女神异闻录5：战略版》如何通过引入本篇的游戏机制，来降低SRPG游戏上手门槛的，但这并不意味着它就是一款毫无挑战性的SRPG。
除了前面提到的，大部分剧情关卡中都有三个提供额外奖励的“AWARD”过关条件外，玩家在完成主线任务的间隙，还可以挑战多个以“解残局”为主要关卡呈现形式的支线任务。这些任务的达成条件极为苛刻，像是使用特定角色在一回合内解决关卡内的所有敌人，或是在一回合内让角色移动到地图指定区域等等。相比主线任务，这些支线的完成难度会陡然提升，在无法“悔棋”的前提下，走错一步基本就意味着你得重新来过。
